Bacteroidota

Les Bacteroidota – anciennement Bacteroidetes – sont un embranchement (ou encore phylum, ou division) du règne des Bacteria. Son nom provient de Bacteroides qui est le genre type de cet embranchement. Ces bactéries sont largement répandues dans l'environnement, notamment dans le sol, dans les sédiments, l'eau de mer et dans les intestins d'animaux. De loin, la classe des Bacteroidales est l'une des plus étudiées, notamment les genres Bacteroides (organismes abondants dans les selles des animaux à sang chaud, dont les humains) et Porphyromonas (un groupe d'organismes vivant dans la cavité buccale de l'Homme). Les membres du genre Bacteroides sont des agents pathogènes opportunistes, rarement membres des deux autres classes de pathogènes pour l'Homme. Le chercheur Jeffrey Gordon et ses collègues ont constaté que la flore intestinale des humains obèses possède un pourcentage plus faible de bactéries du phylum Bacteroidetes. Toutefois, ils ne savent pas si les Bacteroidetes peuvent prévenir l'obésité ou si cette flore intestinale n'est pas simplement préférée par l'intestin chez les personnes non obèses. L'étymologie du nom du phylum Bacteroidota est la suivante : Bac.te.ro.i.do’ta N.L. masc. n. Bacteroides, genre type du phylum; N.L. neut. pl. n. suff. -ota, suffixe pour désigner un phylum; N.L. neut. pl. n. Bacteroidota, le phylum des Bacteroides. Cet embranchement est proposé dès 2010 par N.R. Krieg dans la deuxième édition de Bergey's Manual of Systematic Bacteriology sous le nom de « Bacteroidetes ». Ce n'est qu'en 2021 qu'il est publié de manière valide par Oren et Garrity après un renommage conforme au code de nomenclature bactérienne (le nom de l'embranchement devant être dérivé de celui de son genre type, en l'occurrence Bacteroides, par adjonction du suffixe -ota conformément à une décision de l'ICSP en 2021). Selon : Bacteroidia Krieg 2012 Chitinophagia Munoz 2017 Cytophagia Nakagawa 2012 Flavobacteriia Bernardet 2012 Saprospiria Hahnke 2018 Sphingobacteriia Kämpfer 2012 Cet embranchement comporte également plusieurs genres incertae sedis (positionnement taxonomique incertain).