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thumb|upright=1.7|L'aquifère peut stocker de l'eau souterraine. Un aquifère est un sol ou une roche réservoir originellement poreuse ou fissurée, contenant une nappe d'eau souterraine et suffisamment perméable pour que l'eau puisse y circuler librement. Les aquifères pourraient être utilisés dans des projets de séquestration géologique du dioxyde de carbone. On distingue aquifères poreux et aquifères lamellés : Dans les aquifères poreux, l'eau souterraine est soit contenue entre les grains (ex.: sable, gravier) ou soit contenue dans les pores ouverts de la roche (ex.: craie, grès, scories volcaniques). Elle peut y circuler librement. La perméabilité est matricielle. Dans les aquifères fissurés, l'eau est contenue et circule dans les failles, fissures ou diaclases de la roche (calcaires, granites, coulées volcaniques). La perméabilité est fissurale. Les aquifères karstiques sont des systèmes complexes particuliers associant une zone superficielle plus ou moins fissurée et insaturée (en eau) servant de zone d'infiltration, et une zone inférieure fissurée, présentant également des conduits, grottes, etc. Cette zone est saturée en dessous d'un certain niveau, et l'eau y circule à une grande vitesse par rapport aux systèmes poreux. Les sols argileux (comme les argiles glaciaires), peuvent contenir de grandes quantités d'eau souterraine, du fait de leur porosité élevée. Cependant, l'eau ne peut y circuler librement du fait de la faible conductibilité hydraulique des argiles de l’ordre du milliardième de mètre par seconde et les sols argileux ne peuvent donc pas abriter d'aquifères. Les argiles jouent cependant un rôle clef dans les structures géologiques occupées par les aquifères et les strates d'argiles peuvent délimiter plusieurs aquifères superposés. Alors que l'eau souterraine peut parcourir plusieurs mètres par jour dans une roche réservoir, sa vitesse dans les couches d’argile est de l'ordre de quelques dizaines de centimètres par millier d'années empêchant ou limitant fortement la communication entre les aquifères.

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