En écologie et hydrobiologie, l'anoxie est une diminution de l'oxygène dissous ou présent et biodisponible dans le milieu (sol, sédiment, eau, atmosphère..). L'anoxie favorise le développement de bactéries anaérobies ou semi-anaérobies dont certaines peuvent émettre du méthane, des toxines ou être responsables de maladies mortelles (botulisme par exemple). En modifiant les populations bactériennes et vivantes du sol ou du sédiment, l'anoxie modifie aussi la chimie du sol ou du sédiment (qui devient généralement foncé, voire noir), avec des variations selon la profondeur et le type de milieu. Chez les animaux (aquatiques et terrestres), l'anoxie se traduit par une souffrance tissulaire suivie de la mort par asphyxie. Certains organismes y réagissent en amorçant des processus de survie (fuite des zones les plus pauvres en oxygène, recherche d'oxygène dans l'air en surface pour les espèces mobiles). D'autres comme les moules ferment leurs coquilles, mais meurent si le choc anoxique dure trop longtemps. En présence de certains toxiques qui empêchent l'utilisation par les cellules de l'oxygène dissous dans le sang ou dans les fluides corporels, des animaux peuvent mourir asphyxiés par anoxie interne alors que le taux d'oxygène de l'eau est normal. C'est par exemple le cas lors de pollutions par du cyanure, parfois importantes en aval de certaines mines (mines d'or en particulier).` L'anoxie de l'eau et plus encore du sédiment aquatique est un facteur très aggravant de la contamination de la chaine alimentaire par le mercure (qui dans ce contexte est méthylé en méthyl-mercure, beaucoup plus toxique et beaucoup plus bioassimilable que le mercure métallique. Ainsi une étude récente (2019) a montré qu'en Guyane c'est dans les zones anoxiques et concernées par l'orpaillage ou les séquelles mercurielles de l'orpaillage que les taux de mercure les plus élevés sont trouvés dans la chair du poisson Aimara (une espèces couramment utilisée comme bioindicateur de la contamination mercurielle du Réseau trophique).

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