Concept
Holobionte
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Hologenome theory of evolution
The hologenome theory of evolution recasts the individual animal or plant (and other multicellular organisms) as a community or a "holobiont" – the host plus all of its symbiotic microbes. Consequently, the collective genomes of the holobiont form a "hologenome". Holobionts and hologenomes are structural entities that replace misnomers in the context of host-microbiota symbioses such as superorganism (i.e., an integrated social unit composed of conspecifics), organ, and metagenome.
Microbiome
vignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Microbiote
vignette|Escherichia coli, l'une des espèces bactériennes sous-dominantes du microbiote intestinal. Le microbiote est l'ensemble des micro-organismes vivant dans un environnement spécifique (appelé microbiome) chez un hôte (animal : zoobiote ; végétal : phytobiote ; sol : microbiote tellurique ; air : aérobiote) ou une matière (d'origine animale ou végétale). Ces micro-organismes peuvent être présents sans impact sur leur hôte (commensalisme) ou entrer en interaction étroite avec lui (mutualisme, parasitisme non létal).
Zooxanthelle
La zooxanthelle (« jaune des animaux » en grec), ou plus simplement xanthelle (« jaune » en grec, algue du genre Symbiodinium) est une algue unicellulaire, pouvant vivre en symbiose avec le corail, mais aussi avec les bénitiers, ainsi qu'avec de nombreuses espèces de méduses scyphozoaires, comme le genre Cassiopea ou Cotylorhiza par exemple, et chez d'autres animaux marins (Hydrozoaires, Limaces de mer, radiolaires, ciliées, démosponges, actinies...).
Endosymbiote
Un endosymbiote ou endosymbionte est un organisme qui vit à l'intérieur d'une autre cellule ou d'un autre organisme, l'association ainsi formée est une endosymbiose. Pour exemple, la bactérie rhizobium fixatrice d'azote vit dans les nodosités racinaires des légumineuses ou encore l'algue unicellulaire (zooxanthelle) vivant dans les coraux et qui leur permet de construire leur squelette externe ou enfin les bactéries endosymbiotes des insectes qui leur fournissent entre 10 et 15 % de leurs nutriments essentiels, ce qui traduit une large diversité d'endosymbiose.