L'université de Vilnius en Lituanie (en lituanien : Vilniaus universitetas ; en polonais : Uniwersytet Wileński ; en russe : Виленский университет) est une des plus anciennes institutions d'enseignement supérieur de cette partie de l'Europe, venant après Prague (1348) et Cracovie (1364), mais avant Saint-Pétersbourg (1724), Moscou (1755), Varsovie (1816) et Kiev (1834).
La fondation de cette université remonte à 1578, date à laquelle le roi de la République des Deux Nations, Étienne Bathory, transforme l'ancien collège jésuite créée en 1570, en « Académie » (de langues latine et polonaise). L'université reste alors dirigée par les jésuites.
Après la suppression de la Compagnie de Jésus en 1773, l'université passe sous le contrôle du gouvernement polonais, précisément de la Commission de l'éducation nationale créée en 1773. Après le troisième partage de la Pologne en 1795 qui la place sous l'autorité de la Russie, l'université devient le ministère de l'Éducation pour les provinces polonaises annexées à l'Empire. Jusqu'en 1823 c'est le prince Adam Czartoryski qui dirige cette institution. Après le soulèvement polonais de novembre 1830, elle est soumise à la russification. Elle redevient brièvement polonaise (1918-1939), puis de passe sous la coupe de l'occupant soviétique (1940-1990).
C'est actuellement la principale université de la République de Lituanie redevenue indépendante.
Les jésuites arrivent à Vilnius en 1569 à l'invitation de l'évêque de Vilnius (Walerian Protasewicz, 1504-1579). L'année suivante, ils y ouvrent un collège. Son succès est tel qu'ils sont invités à étendre des cours et mettre en place l'enseignement supérieur.
En 1579, sur l'ordre du roi de Pologne et grand duc lituanien Etienne Bathory et avec le consentement du pape Grégoire XIII, le collège jésuite est transformé en école supérieure. Pendant deux siècles, jusqu'en 1773, les jésuites restent responsables de l'enseignement et administration de cette université qui porte alors le nom d'Alma Academia et Universitas Vilnensis Societatis Jesu.