vignette|462x462px| Le flux de DOM et POM à travers le réseau trophique, avec l'emplacement de la voie de dérivation virale.
La dérivation virale, ou encore court-circuit ou court-circuitage viral (dit aussi shunt viral, calque de l'anglais viral shunt en anglais) est un mécanisme qui empêche les particules organiques microbiennes marines (POM) de migrer vers les niveaux trophiques, en les recyclant en matière organique dissoute (DOM), laquelle peut être facilement absorbée par les micro-organismes. La quantité de DOM recyclée par la voie du shunt viral est comparable celle générée par les autres principales sources de DOM marine.
Les virus peuvent facilement infecter les micro-organismes de la boucle microbienne en raison de leur relative abondance par rapport aux microbes. La mortalité des procaryotes et des eucaryotes contribue au recyclage des nutriments carbonés par lyse cellulaire. (en particulier de l'ammonium). Ce recyclage des nutriments contribue à stimuler la croissance microbienne. Jusqu'à 25% de la production primaire de phytoplancton dans les océans mondiaux peut être renouvelée dans la boucle microbienne grâce au shunt viral.
Le shunt viral a été décrit pour la première fois en 1999, par Steven W. Wilhelm et Curtis A. Suttle. Leur publication originale a été cité plus de 1000 fois. Pour sa contribution à la compréhension du rôle des virus dans les écosystèmes marins, Suttle a reçu de nombreux prix, dont une nomination pour un Fellow de la Société royale du Canada, le prix AG Huntsman récompensant son travail dans les sciences marines et la médaille d'excellence Timothy R. Parsons en sciences de la mer du ministère des Pêches et des Océans. Suttle et Wilhelm , l'un décerné par l'American Academy of Microbiology et l'autre par l'Association for the Sciences of Limnology and Oceanography.
Le domaine de la virologie marine s'est rapidement développé depuis le milieu des années 1990, coïncidant avec la première publication sur le shunt viral. En même temps, d'autres études ont établi .
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Marine viruses are defined by their habitat as viruses that are found in marine environments, that is, in the saltwater of seas or oceans or the brackish water of coastal estuaries. Viruses are small infectious agents that can only replicate inside the living cells of a host organism, because they need the replication machinery of the host to do so. They can infect all types of life forms, from animals and plants to microorganisms, including bacteria and archaea.
Marine biogeochemical cycles are biogeochemical cycles that occur within marine environments, that is, in the saltwater of seas or oceans or the brackish water of coastal estuaries. These biogeochemical cycles are the pathways chemical substances and elements move through within the marine environment. In addition, substances and elements can be imported into or exported from the marine environment. These imports and exports can occur as exchanges with the atmosphere above, the ocean floor below, or as runoff from the land.
Particulate organic matter (POM) is a fraction of total organic matter operationally defined as that which does not pass through a filter pore size that typically ranges in size from 0.053 millimeters (53 μm) to 2 millimeters. Particulate organic carbon (POC) is a closely related term often used interchangeably with POM. POC refers specifically to the mass of carbon in the particulate organic material, while POM refers to the total mass of the particulate organic matter.
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