Variant Omicron du SARS-CoV-2

vignette|Image d'un spécimen de SARS-CoV-2. Le variant Omicron présente plusieurs mutations sur le péplomère (spicules en vert sur l'image). Le variant Omicron () du SARS-CoV-2, aussi appelé B.1.1.529 (synonyme BA.1) selon les lignées Pango, du clade GISAID GR/484A, est un variant du coronavirus responsable de la Covid-19. Nommé d'après la lettre grecque Omicron, le premier cas de ce variant est détecté le au Botswana. Le , il est classé comme variant préoccupant par l'Organisation mondiale de la santé (OMS). Le , l'OMS publie la lignée Pango BA.2 comme étant une sous-lignée de Omicron, définissant alors BA.1 comme alias de B.1.1.529. Le , l'OMS publie les lignées Pango BA.3, BA.4 et BA.5 comme étant des sous-lignées de Omicron. Le variant B.1.1.529 a d’abord été détecté en Afrique australe durant le mois de novembre, puis s’est propagé jusqu’à représenter 96,3 % des nouveaux cas dans trois États du nord-ouest des États-Unis ; il est devenu majoritaire dans ce pays depuis le . Un nombre inhabituel de mutations, dont plusieurs inédites ou affectant le péplomère l'ont rendu plus transmissible et actif face au système immunitaire ou aux vaccins. Plusieurs restrictions d'entrées de voyageurs venant des pays où il a été détecté ont donc été mises en place au niveau international pour limiter sa propagation. Mi-décembre, il s'était cependant propagé, à une vitesse inédite selon l'OMS ; . Les virologues rappellent que l'apparition de variants en supplantant d'autres est un phénomène classique dans les épidémies ; un variant pouvant avoir une meilleure valeur sélective pour de nombreuses raisons autres qu'une meilleure transmissibilité, notamment à cause de changements dans les habitudes de son hôte humain. Début 2022, une étude n'a pas trouvé de différence significative entre la charge virale d'Omicron et Delta. Quelques jours plus tard, une étude danoise non revue par les pairs suggère que la transmissibilité des variants d'Omicron et Delta ne semble pas différente, les personnes non vaccinées étant aussi susceptibles de contracter l'un ou l'autre variant, mais qu'Omicron semble échapper un peu plus à la vaccination que Delta.

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