thumb|Inclusions de rutile dans un cristal de quartz. En minéralogie, une inclusion désigne un matériau emprisonné à l'intérieur d'un minéral. Les inclusions peuvent être un liquide, un gaz, du pétrole ou un autre minéral. En gemmologie, une inclusion est une caractéristique à l'intérieur d'une gemme, qui peut s'étendre de l'intérieur vers la surface. Les inclusions présentes dans un minéral permettent de déterminer ses conditions de formation ainsi que sa provenance. D'après la loi des inclusions de Hutton, les fragments inclus dans un minéral hôte sont plus anciens que le minéral lui-même. thumb|Schémas d'inclusions par Henry Clifton Sorby, 1858. Les inclusions étaient déjà connues dans l'Antiquité : certains cristaux transparents comme le quartz comportent des inclusions fluides assez grandes pour être visibles à l'œil nu. Elles ont fait l'objet de plusieurs études à travers les siècles. Au , Pline mentionne des « petites inclusions, défauts et vésicules, qui ressemblent à de l'argent » à propos de certaines gemmes. Dans son œuvre sur les gemmes datant du , Al-Bīrūnī traite, entre autres, l'influence d'inclusions fluides sur la qualité des pierres précieuses comme le rubis, le diamant, l'émeraude ou la turquoise. Déodat Gratet de Dolomieu décrit en 1792 des inclusions d'huile de pétrole dans le quartz, mais celles-ci sont considérées comme peu importantes par la plupart des savants de son époque, dont René Just Haüy. Les premiers travaux significatifs sur les inclusions sont apparus grâce aux développements du microscope optique. En 1822, Humphry Davy publie un article sur les inclusions d'eau et de phases gazeuses dans les cristaux. Il démontre en particulier que la présence de vapeur dans les inclusions est due à la contraction thermique du fluide, favorisant ainsi la théorie du plutonisme sur la formation de la croûte terrestre, qui était opposée à celle du neptunisme. Cependant, le xénomorphisme du quartz dans le granite reste inexpliqué et conduit à l'élaboration de la théorie de la plasticité aqueuse, dans laquelle l'eau contenue dans le granite à haute température rendrait celui-ci plastique, et qui semble soutenir la théorie du neptunisme.

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