L'endogénie est, en biologie, un produit ou une fonction généré à l'intérieur du système (animal, végétal, superorganisme, écosystème), et dans le cas d'un organisme synthétisé par l'organisme lui-même. Plus largement il peut s'agir d'une situation due à une ou plusieurs causes internes au système lui-même. (Exemples : intoxication, hypercatabolisme, féminisation... endogène). Il peut s'agir de simples molécules (biosynthèse endogène) ; dans ce cas le qualificatif endogène sert à distinguer une molécule produite par le corps, d'une molécule produite par un autre organisme hors du corps, et éventuellement inhalée, ingérée, bue (exemples : vitamine D endogène, cannabinoïde, morphine ou amphétamines endogènes). On parle aussi de population bactérienne endogène, de virus ou rétrovirus endogènes... Il peut aussi s'agir de systèmes plus complexes tels que les , dont on a récemment découvert qu'elles pouvaient exister, même des organismes réputés simples comme les cyanophycées qui sont des bactéries photosynthétiques dont certaines souches possèdent un rythme circadien bactérien précis. Ce terme est également utilisé en économie ; on dit d'une variable qu'elle est endogène lorsqu'elle est déterminée à l'intérieur même du modèle. Par exemple, alors que Solow parle d'un progrès technique exogène, comme tombé de nulle part (« A contribution to the theory of economic growth », 1956), d'autres économistes comme Paul Romer affirment que le progrès technique est une variable endogène à l'économie qui permet une croissance auto-entretenue (« Increasing returns and long-term growth », 1986).