vignette|Le crapaud doré, déclaré éteint en 2001. L'expression « extinction fonctionnelle » désigne soit la cessation de la reproduction des individus d'une espèce, soit le fait qu'une espèce ne joue plus le rôle qui était le sien dans l'écosystème. Dans un contexte médiatique un certain flou entoure la notion d'extinction fonctionnelle, employée dans des sens parfois divers. L'extinction fonctionnelle se distingue de l'extinction tout court, dont le critère le plus généralement admis est la mort du dernier spécimen. vignette|Symboles de la liste rouge de l'. Cette définition est celle de biologistes comme , et celle adoptée par le Committee on Recently Extinct Organisms (CREO). Selon ce Comité, « l'extinction fonctionnelle est une extinction inévitable, elle se réfère à une population réduite qui n'est plus en mesure de se reproduire ». Cette situation se produit par exemple quand il ne reste que des spécimens du même sexe. Pour K. de Queiroz, une espèce se définissant comme un processus de transmission d’information génétique (et non comme la somme de ses membres), l'extinction fonctionnelle est en fait une extinction déjà réalisée, et non pas seulement une extinction inévitable. Cette définition est celle des écologues. En ce sens, l'extinction fonctionnelle peut intervenir très tôt au début du déclin d'une population. En effet, une espèce est considérée en danger à partir du moment où elle perd 30 % de ses effectifs mais selon les études écologiques, l'extinction fonctionnelle commence avant même la perte d'un tiers de la population de l'espèce, en raison des effets en cascade, ou « cascades alimentaires », dans l'écosystème. T. Säterberg et ses collègues observent dans un article de la revue Nature en 2013 que la mort de moins d'un tiers des membres d'une espèce suffit à entraîner des phénomènes de coextinction : ainsi, avant la disparition d'une espèce, le taux de mortalité de ses membres ayant augmenté, certains de ses prédateurs ou de ses symbiotes s'éteignent complètement.