thumb|Le pléco-zèbre (Hypancistrus zebra), espèce endémique du rio Xingu.
L'endémisme caractérise la présence naturelle d'un groupe biologique exclusivement dans une région géographique délimitée. Ce concept, utilisé en biogéographie peut s'appliquer aux espèces comme aux autres taxons et peut concerner toutes sortes d'êtres vivants, animaux, végétaux ou autres.
Une espèce endémique (ou un taxon endémique) l'est obligatoirement par rapport à un territoire nommé : le koala est endémique de l'Australie, le cyprès de Lambert est un arbre endémique de la Californie (même s'il a ensuite été planté dans le monde entier), l'arganier est un arbre endémique du Maroc.
Les espèces endémiques d'une aire géographique constituent un sous-ensemble des espèces indigènes de cette aire géographique. Mais indigénat et endémisme sont des notions très distinctes qui ne doivent pas être confondues. De nombreuses espèces indigènes d'une région définie ne sont pas endémiques de cette région dès lors qu'elles sont aussi naturellement présentes ailleurs.
Le taux d’endémisme est l'un des indicateurs et éléments d'appréciation de la biodiversité ; par exemple, pour l'Europe, quatre espèces endémiques européennes sur cinq vivent dans la seule zone méditerranéenne, aire biogéographique où plus de 50 % des de phanérogames et de cryptogames vasculaires vivent (chiffre à comparer aux de la flore supérieure d'Australie, qui vivent sur une aire trois fois plus vaste). C'est pourquoi la mer Méditerranée et ses abords sont considérés comme l'un des points chauds de biodiversité planétaire.
L'endémisme peut provenir de deux facteurs :
l'apparition de nouvelles espèces, dite « processus de spéciation » liée à l'isolement géographique (divergence progressive des caractéristiques génétiques ou morphologiques). On parle parfois d'espèces « néo-endémiques », puisque l'endémisme provient de l'apparition de nouvelles espèces. En général, plus une île ou une île écologique est ancienne, plus son taux d'endémisme est élevé (Madagascar au large de l'Afrique, Chypre en Méditerranée ou la Nouvelle-Calédonie dans l'océan Pacifique).
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vignette|Symbole « en danger » de la liste rouge de l'UICN. En biologie et écologie, l'expression « espèce en danger » s'applique à toute espèce risquant de disparaître à court ou moyen terme. Selon le congrès mondial de l'UICN de septembre 2016, , ce qu'un article du 10 août, dans la revue Nature traduit sous le titre « Les ravages des fusils, des filets et des bulldozers » aussi qualifiés de grands tueurs parmi les facteurs de régression de animales et végétales évaluées et classées en 2016 comme menacées ou quasi menacées de disparition sur la liste rouge de l'UICN.
thumb|Vue des monts Chiricahua faisant partie des Madrean Sky Islands en Arizona, aux États-Unis. Un sky island est un massif de montagnes dont les conditions d'isolation topographique se répercutent au niveau des écosystèmes. C'est une expression anglaise signifiant littéralement en français « île du ciel ». Les espèces végétales et animales présentes sur un sky island peuvent alors faire l'objet d'une spéciation contrairement aux mêmes espèces vivant dans d'autres milieux non isolés topographiquement.
vignette|Les 825 écorégions terrestres du WWF. Une écorégion ou région écologique est une zone géographique assez large se distinguant par le caractère unique de sa géomorphologie, de sa géologie, de son climat, de ses sols, de ses ressources en eau, de sa faune et de sa flore. Plusieurs organismes internationaux ont établi des listes d'écorégions, le World Wildlife Fund, la Commission de coopération environnementale d'Amérique du Nord, la DMEER européenne, la National Oceanic and Atmospheric Administration américaine.
The non-marine diatom flora of the Antarctic continent is currently being revised as recent work within the Maritime and Sub-Antarctic regions has unveiled a number of new endemic species. The under reporting of endemic species is partially due to the hist ...
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