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Krister Swenson

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Publications associées (13)

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Uncovering hidden phylogenetic consensus in large datasets

Bernard Moret, Alexandros Stamatakis, Krister Swenson

Institute of Electrical and Electronics Engineers2011

Sorting signed permutations by inversions in O(nlogn) time

Bernard Moret, Yu Lin, Vaibhav Rajan, Krister Swenson

The study of genomic inversions (or reversals) has been a mainstay of computational genomics for nearly 20 years. After the initial breakthrough of Hannenhalli and Pevzner, who gave the first polynomial-time algorithm for sorting signed permutations by inv ...

2010

The Metropolized Partial Importance Sampling MCMC mixes slowly on minimal reversal rearrangement paths

Krister Swenson

Markov chain Monte Carlo has been the standard technique for inferring the posterior distribution of genome rearrangement scenarios under a Bayesian approach. We present here a negative result on the rate of convergence of the generally used Markov chains. ...

2010