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In this paper, we propose an abstract interpretation-based framework for reducing the state space of stochastic semantics for protein protein interaction networks. Our approach consists in quotienting the state space of networks. Yet interestingly, we do n ...
Calibration or model parameter estimation from measured data is an ubiquitous problem in engineering. In systems biology this problem turns out to be particularly challenging due to very short data-records, low signal-to-noise ratio of data acquisition, la ...
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The induction of a signaling pathway is characterized by transient complex formation and mutual posttranslational modification of proteins. To faithfully capture this combinatorial process in a mathematical model is an important challenge in systems biolog ...