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Mingfu Shao

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Publications associées (11)

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On Computing Breakpoint Distances for Genomes with Duplicate Genes

Bernard Moret, Mingfu Shao

A fundamental problem in comparative genomics is to compute the distance between two genomes in terms of its higher level organization (given by genes or syntenic blocks). For two genomes without duplicate genes, we can easily define (and almost always eff ...

Mary Ann Liebert, Inc2017

A Fast and Exact Algorithm for the Exemplar Breakpoint Distance

Bernard Moret, Mingfu Shao

A fundamental problem in comparative genomics is to compute the distance between two genomes. For two genomes without duplicate genes, we can easily compute a variety of distance measures in linear time, but the problem is NP-hard under most models when ge ...

Mary Ann Liebert, Inc2016

A maximum-likelihood approach for building cell-type trees by lifting

Bernard Moret, Philipp Bucher, Yu Lin, Mingfu Shao, Nishanth Ulhas Nair, Paulina Grnarova, Laura Madeleine Hunter

Background: In cell differentiation, a less specialized cell differentiates into a more specialized one, even though all cells in one organism have (almost) the same genome. Epigenetic factors such as histone modifications are known to play a significant r ...

2016