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Publications associées (3)

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Modeling and analysis of parts and devices of genetic regulation

DNA encrypts the composition of the cellular material that is synthesized through transcription and translation. Never-theless, gene regulation mechanisms determine the final amount of transcribed and translated material. Transcription factors (TF) are a c ...

EPFL2018

Mechanistic Modeling of Genetic Circuits for ArsR Arsenic Regulation

Vassily Hatzimanikatis, Yves Berset

Bioreporters are living cells that generate an easily measurable signal in the presence of a chemical compound. They acquire their functionality from synthetic gene circuits, the configuration of which defines the response signal and signal-to-noise ratio. ...

Amer Chemical Soc2017

Quantification of Cooperativity in Heterodimer-DNA Binding Improves the Accuracy of Binding Specificity Models

Vassily Hatzimanikatis, Bart Deplancke, Alina Isakova, Yves Berset

Many transcription factors (TFs) have the ability to cooperate on DNA elements as heterodimers. Despite the significance of TF heterodimerization for gene regulation, a quantitative understanding of cooperativity between various TF dimer partners and its i ...

American Society for Biochemistry and Molecular Biology2016