BactérieLe terme bactérie est un nom vernaculaire qui désigne certains organismes vivants microscopiques et procaryotes présents dans tous les milieux. Le plus souvent unicellulaires, elles sont parfois pluricellulaires (généralement filamenteuses), la plupart des espèces bactériennes ne vivant pas individuellement en suspension, mais en communautés complexes adhérant à des surfaces au sein d'un gel muqueux (biofilm). vignette|200px|Coques à gauche, Spirillum au centre, bacille à droite.
Microbiomevignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
Indicateur rédoxUn indicateur rédox (ou indicateur d'oxydoréduction ou indicateur de potentiel) est un couple oxydant-réducteur dont chacune des deux formes possède une couleur différente. Un indicateur rédox est donc caractérisé par un E°. Un tel indicateur, ajouté à une solution, colore celle-ci différemment si le potentiel de la solution est au-dessous ou au-dessus du E° de l'indicateur. Il permet de mettre en évidence l'équivalence d'un titrage rédox si le E° est compris dans le saut de potentiel du titrage.
Équilibre acido-basiqueL'équilibre acido-basique, ou homéostasie du pH est une fonction du corps humain qui vise à réguler le pH du plasma. Le pH plasmatique varie normalement de 7,38 à 7,42. On parle d'acidose en cas de diminution du pH et d'alcalose en cas d'augmentation de celui-ci. La régulation du pH fait appel à de nombreux systèmes (la fonction respiratoire, le rein, les protéines, etc). Le corps maintient constamment l'équilibre acido-basique. Un des moyens de régulation consiste en la variation de la vitesse de ventilation pulmonaire.
Biofilmvignette|Lorsque le biofilm est indécelable, il forme un voile microbien. Lorsqu'il est suffisamment épais pour être visible à l'œil nu, il forme un tapis microbien (ici un biofilm autotrophe constitué de cyanobactéries). vignette|Cloître de l'abbaye du Thoronet. Les pierres exposées au ruissellement des eaux de pluie montrent des croûtes constituées de biofilms de lichens épilithiques, de cyanobactéries responsables de la biopatine noire, de parasites (virus ou microchampignons) qui attaquent ces bactéries photosynthétiques et d'autres micro-organismes qui s'en nourrissent.
Zone photiquethumb|right|250px|Diagramme des couches de la zone pélagique. La zone photique, aussi nommée zone euphotique, zone épipélagique ou couche photique, est la zone aquatique d’un lac ou d’un océan exposée à une lumière suffisante pour que la photosynthèse s'y produise. La profondeur de la zone photique peut être grandement affectée par la turbidité et la latitude. Elle s’étend jusqu’à une profondeur à laquelle l’intensité lumineuse résiduelle correspond à 1 % de celle en surface (également appelée « profondeur euphotique »).
Carbonate–silicate cycleThe carbonate–silicate geochemical cycle, also known as the inorganic carbon cycle, describes the long-term transformation of silicate rocks to carbonate rocks by weathering and sedimentation, and the transformation of carbonate rocks back into silicate rocks by metamorphism and volcanism. Carbon dioxide is removed from the atmosphere during burial of weathered minerals and returned to the atmosphere through volcanism.
Croissance bactérienneLa notion de croissance bactérienne recouvre deux aspects : la croissance de la cellule bactérienne (taille, masse, volume), et le phénomène de division cellulaire (population). Pour simplifier, on assimile souvent la croissance à la division cellulaire. Le plus simple est de considérer la croissance comme un ensemble de réactions (du métabolisme) conduisant à la synthèse de biomasse bactérienne. La croissance est alors définie par l'augmentation de biomasse sèche.
Drainage minier acidethumb|Exemple de drainage acide. thumb|Précipitation d'hydroxydes de fer dans un affluent du Missouri recevant des DMA d'une mine de charbon. thumb|Les eaux très acides (pH 2,2) du Río Tinto semblent incapables d'abriter de la vie. Quelques espèces extrêmophiles (bactéries aérobies et acidophiles) y survivent pourtant. Elles sont responsables de la couleur de la roche et de l'eau. thumb|right|Río Tinto, Espagne. thumb|La dissolution d'un cube cristallin de pyrite (qui était dans le bloc au centre de l'image) n'a laissé que quelques particules d'or.
MetaproteomicsMetaproteomics (also Community Proteomics, Environmental Proteomics, or Community Proteogenomics) is an umbrella term for experimental approaches to study all proteins in microbial communities and microbiomes from environmental sources. Metaproteomics is used to classify experiments that deal with all proteins identified and quantified from complex microbial communities. Metaproteomics approaches are comparable to gene-centric environmental genomics, or metagenomics.
