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An Approximate Markov Model for the Wright-Fisher Diffusion and Its Application to Time Series Data

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Fixation (population genetics)

In population genetics, fixation is the change in a gene pool from a situation where there exists at least two variants of a particular gene (allele) in a given population to a situation where only one of the alleles remains. That is, the allele becomes fixed. In the absence of mutation or heterozygote advantage, any allele must eventually be lost completely from the population or fixed (permanently established at 100% frequency in the population).

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

Directional selection

In population genetics, directional selection, is a mode of negative natural selection in which an extreme phenotype is favored over other phenotypes, causing the allele frequency to shift over time in the direction of that phenotype. Under directional selection, the advantageous allele increases as a consequence of differences in survival and reproduction among different phenotypes. The increases are independent of the dominance of the allele, and even if the allele is recessive, it will eventually become fixed.

Minimum viable population

Minimum viable population (MVP) is a lower bound on the population of a species, such that it can survive in the wild. This term is commonly used in the fields of biology, ecology, and conservation biology. MVP refers to the smallest possible size at which a biological population can exist without facing extinction from natural disasters or demographic, environmental, or genetic stochasticity. The term "population" is defined as a group of interbreeding individuals in similar geographic area that undergo negligible gene flow with other groups of the species.

Sélection stabilisatrice

En génétique des populations, la sélection stabilisatrice ou stabilisante (à ne pas confondre avec la sélection négative ou purificatrice) est un mode de sélection naturelle dans laquelle la moyenne de la population se stabilise sur une valeur de trait non extrême particulière. On pense que c'est le mécanisme d'action le plus courant pour la sélection naturelle car la plupart des traits ne semblent pas changer radicalement au cours du temps.

Allèle

Un allèle (abréviation d'allélomorphe) est une version d'un locus polymorphe. Il existe généralement quelques allèles pour chaque gène, mais certains gènes (par exemple ceux du CMH) possèdent plusieurs dizaines d'allèles. Les allèles d'une paire de chromosomes homologues peuvent être identiques, c'est l'homozygotie, ou différents, c'est l'hétérozygotie. C'est ainsi qu'au sein d'une même espèce, le génome d'un individu est différent de celui d'un autre individu, c'est le polymorphisme génétique.

Sélection négative (sélection naturelle)

Dans la sélection naturelle, la sélection négative ou la sélection purifiante est l'élimination sélective des allèles délétères. Cela peut stabiliser la sélection par la purge des polymorphismes génétiques délétères qui résultent de mutations aléatoires. La purge des allèles délétères peut être réalisée au niveau de la génétique des populations, ne nécessitant pas plus d'une seule mutation ponctuelle comme l'unité de sélection.

Genotype frequency

Genetic variation in populations can be analyzed and quantified by the frequency of alleles. Two fundamental calculations are central to population genetics: allele frequencies and genotype frequencies. Genotype frequency in a population is the number of individuals with a given genotype divided by the total number of individuals in the population. In population genetics, the genotype frequency is the frequency or proportion (i.e., 0 < f < 1) of genotypes in a population.

Idealised population

In population genetics an idealised population is one that can be described using a number of simplifying assumptions. Models of idealised populations are either used to make a general point, or they are fit to data on real populations for which the assumptions may not hold true. For example, coalescent theory is used to fit data to models of idealised populations. The most common idealized population in population genetics is described in the Wright-Fisher model after Sewall Wright and Ronald Fisher (1922, 1930) and (1931).

Séquençage shotgun

En génétique, le séquençage shotgun (littéralement séquençage "fusil de chasse") est une méthode utilisée pour séquencer des brins d'ADN aléatoires. On l'appelle ainsi par analogie avec le modèle de tir quasi-aléatoire en pleine expansion d'un fusil de chasse : cette métaphore illustre le caractère aléatoire de la fragmentation initiale de l'ADN génomique où l'on "arrose" tout le génome, un peu comme se dispersent les plombs de ce type d'arme à feu.