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Interbacterial predation as a strategy for DNA acquisition in naturally competent bacteria

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Klebsiella pneumoniae

Klebsiella pneumoniae (anciennement Hyalococcus aerogenes) est l'espèce type du genre Klebsiella. C'est un bacille Gram négatif, non-mobile, encapsulé, anaérobie facultatif, capable de fermenter le lactose sur milieu MacConkey avec des colonies d'aspect mucoïdes. L'espèce Klebsiella pneumoniae a d'abord été décrite comme Hyalococcus pneumoniae par Schroeter avant d'être renommée Klebsiella pneumoniae par Trevisan.

Bacterial genome

Bacterial genomes are generally smaller and less variant in size among species when compared with genomes of eukaryotes. Bacterial genomes can range in size anywhere from about 130 kbp to over 14 Mbp. A study that included, but was not limited to, 478 bacterial genomes, concluded that as genome size increases, the number of genes increases at a disproportionately slower rate in eukaryotes than in non-eukaryotes. Thus, the proportion of non-coding DNA goes up with genome size more quickly in non-bacteria than in bacteria.

Bacterial pneumonia

Bacterial pneumonia is a type of pneumonia caused by bacterial infection. Streptococcus pneumoniae () is the most common bacterial cause of pneumonia in all age groups except newborn infants. Streptococcus pneumoniae is a Gram-positive bacterium that often lives in the throat of people who do not have pneumonia. Other important Gram-positive causes of pneumonia are Staphylococcus aureus () and Bacillus anthracis.

Viridans streptococci

The viridans streptococci are a large group of commensal streptococcal Gram-positive bacteria species that are α-hemolytic, producing a green coloration on blood agar plates (hence the name "viridans", from Latin "vĭrĭdis", green), although some species in this group are actually γ-hemolytic, meaning they produce no change on blood agar. The pseudo-taxonomic term "Streptococcus viridans" is often used to refer to this group of species, but writers who do not like to use the pseudotaxonomic term (which treats a group of species as if they were one species) prefer the terms viridans streptococci, viridans group streptococci (VGS), or viridans streptococcal species.

Pathogenic bacteria

Pathogenic bacteria are bacteria that can cause disease. This article focuses on the bacteria that are pathogenic to humans. Most species of bacteria are harmless and are often beneficial but others can cause infectious diseases. The number of these pathogenic species in humans is estimated to be fewer than a hundred. By contrast, several thousand species are part of the gut flora present in the digestive tract.

Séquençage de l'ADN

cadre|Résultat du séquençage par la méthode de Sanger. L'ordre de chaque bande indique la position d'un nucléotide A,T,C ou G Le séquençage de l'ADN consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides pour un fragment d’ADN donné. La séquence d’ADN contient l’information nécessaire aux êtres vivants pour survivre et se reproduire. Déterminer cette séquence est donc utile aussi bien pour les recherches visant à savoir comment vivent les organismes que pour des sujets appliqués.

Quellung reaction

The quellung reaction, also called the Neufeld reaction, is a biochemical reaction in which antibodies bind to the bacterial capsule of Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Neisseria meningitidis, Bacillus anthracis, Haemophilus influenzae, Escherichia coli, and Salmonella. The antibody reaction allows these species to be visualized under a microscope. If the reaction is positive, the capsule becomes opaque and appears to enlarge.

Taille du génome

vignette|Arbre phylogénétique indiquant la taille des génomes chez les organismes des trois domaines du monde vivant: les bactéries Bacteria (en bleu), les archées Archaea (en vert) et les eucaryotes Eucarya (en rouge). La taille du génome correspond à la quantité d'ADN contenue dans une copie d'un génome. La taille d'un génome est également appelée valeur C.

Génome

Le génome (//), ou plus rarement génôme, est l'ensemble du matériel génétique d'une espèce codé dans son acide désoxyribonucléique (ADN), à l'exception de certains virus dont le génome est constitué d'acide ribonucléique (ARN). Il contient en particulier tous les gènes codant des protéines ou correspondant à des ARN structurés. Il se décompose donc en séquences codantes (transcrites en ARN messagers et traduites en protéines) et non codantes (non transcrites, ou transcrites en ARN, mais non traduites).

Pilus

Pilus (pluriel pili) : Appendice se situant à la surface de la paroi de nombreuses bactéries à Gram négatif (et exceptionnellement des bactéries à Gram positif), plus courts et plus fins que des flagelles, ils ne peuvent pas être impliqués dans la mobilité. On les distingue en deux catégories : les pili communs et les pili sexuels (qui, malgré cette appellation, n'ont rien à voir avec la reproduction, mais plutôt avec la transmission et son codage).