Publication
SPICA: Swiss portal for immune cell analysis
Résumé
Single-cell transcriptomics allows the study of immune cell heterogeneity at an unprecedented level of resolution. The Swiss portal for immune cell analysis (SPICA) is a web resource dedicated to the exploration and analysis of single-cell RNA-seq data of immune cells. In contrast to other single-cell databases, SPICA hosts curated, cell type-specific reference atlases that describe immune cell states at high resolution, and published single-cell datasets analysed in the context of these atlases. Additionally, users can privately analyse their own data in the context of existing atlases and contribute to the SPICA database. SPICA is available at https://spica.unil.ch.
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Proximité ontologique
Concepts associés (32)
Système immunitaire
vignette|Un lymphocyte, principale composante du système immunitaire adaptatif des vertébrés. Le système immunitaire d'un organisme est un système biologique complexe constitué d'un ensemble coordonné d'éléments de reconnaissance et de défense qui discrimine le soi du non-soi. Ce qui est reconnu comme non-soi est détruit. Il protège l'organisme des agents pathogènes : virus, bactéries, parasites, certaines particules ou molécules « étrangères » (dont certains poisons), mais est responsable du phénomène de rejet de greffe.
Analyse des données
L’analyse des données (aussi appelée analyse exploratoire des données ou AED) est une famille de méthodes statistiques dont les principales caractéristiques sont d'être multidimensionnelles et descriptives. Dans l'acception française, la terminologie « analyse des données » désigne donc un sous-ensemble de ce qui est appelé plus généralement la statistique multivariée. Certaines méthodes, pour la plupart géométriques, aident à faire ressortir les relations pouvant exister entre les différentes données et à en tirer une information statistique qui permet de décrire de façon plus succincte les principales informations contenues dans ces données.
Leucocyte
Les leucocytes (du grec leukos : blanc et kutos : cellule) ou globules blancs sont des cellules produites dans la moelle osseuse et présentes dans le sang, la lymphe, les organes lymphoïdes (ganglions, rate, amygdale et végétations adénoïdes et plaques de Peyer) et de nombreux tissus conjonctifs de l'organisme. Il en existe trois types principaux : les polynucléaires (ou granulocytes), les lymphocytes et les monocytes. Chaque type joue un rôle important au sein du système immunitaire en participant à la protection contre les agressions d'organismes extérieurs de manière coordonnée.
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Maartje Martina Cornelia Bastings, Alice Comberlato, Marianna Mainardi Koga
First evidence of geometrical patterns and defined distances of biomolecules as fundamental parameters to regulate receptor binding and cell signaling have emerged recently. Here, we demonstrate the importance of controlled nanospacing of immunostimulatory ...
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