Alignement de séquencesEn bio-informatique, l'alignement de séquences (ou alignement séquentiel) est une manière de représenter deux ou plusieurs séquences de macromolécules biologiques (ADN, ARN ou protéines) les unes sous les autres, de manière à en faire ressortir les régions homologues ou similaires. L'objectif de l'alignement est de disposer les composants (nucléotides ou acides aminés) pour identifier les zones de concordance. Ces alignements sont réalisés par des programmes informatiques dont l'objectif est de maximiser le nombre de coïncidences entre nucléotides ou acides aminés dans les différentes séquences.
Graph enumerationIn combinatorics, an area of mathematics, graph enumeration describes a class of combinatorial enumeration problems in which one must count undirected or directed graphs of certain types, typically as a function of the number of vertices of the graph. These problems may be solved either exactly (as an algebraic enumeration problem) or asymptotically. The pioneers in this area of mathematics were George Pólya, Arthur Cayley and J. Howard Redfield.
Stable (théorie des graphes)thumb|280px|L'ensemble des sommets en bleu dans ce graphe est un stable maximal du graphe. En théorie des graphes, un stable – appelé aussi ensemble indépendant ou independent set en anglais – est un ensemble de sommets deux à deux non adjacents. La taille d'un stable est égale au nombre de sommets qu'il contient. La taille maximum d'un stable d'un graphe, noté I(G), est un invariant du graphe. Il peut être relié à d'autres invariants, par exemple à la taille de l'ensemble dominant maximum, noté dom(G).
Graphe scindévignette|240x240px| Un graphe scindé, partitionné en une clique et un ensemble stable. En théorie des graphes, un graphe scindé ou graphe séparé (en anglais : split graph) est un graphe dont les sommets peuvent être partitionnés deux parties : une clique et un ensemble stable. Les graphes scindés ont été étudiés pour la première fois par Földes et Marteau en 1977, et introduit indépendamment par Tyshkevich et Tchernyak en 1979 .
Isomorphisme de graphesEn mathématiques, dans le cadre de la théorie des graphes, un isomorphisme de graphes est une bijection entre les sommets de deux graphes qui préserve les arêtes. Ce concept est en accord avec la notion générale d'isomorphisme, une bijection qui préserve les structures. Plus précisément, un isomorphisme f entre les graphes G et H est une bijection entre les sommets de G et ceux de H, telle qu'une paire de sommets {u, v} de G est une arête de G si et seulement si {ƒ(u), ƒ(v)} est une arête de H.
Graphe planaireDans la théorie des graphes, un graphe planaire est un graphe qui a la particularité de pouvoir se représenter sur un plan sans qu'aucune arête (ou arc pour un graphe orienté) n'en croise une autre. Autrement dit, ces graphes sont précisément ceux que l'on peut plonger dans le plan, ou encore les graphes dont le nombre de croisements est nul. Les méthodes associées à ces graphes permettent de résoudre des problèmes comme l'énigme des trois maisons et d'autres plus difficiles comme le théorème des quatre couleurs.
Rooted graphIn mathematics, and, in particular, in graph theory, a rooted graph is a graph in which one vertex has been distinguished as the root. Both directed and undirected versions of rooted graphs have been studied, and there are also variant definitions that allow multiple roots. Rooted graphs may also be known (depending on their application) as pointed graphs or flow graphs. In some of the applications of these graphs, there is an additional requirement that the whole graph be reachable from the root vertex.
Maximal independent setIn graph theory, a maximal independent set (MIS) or maximal stable set is an independent set that is not a subset of any other independent set. In other words, there is no vertex outside the independent set that may join it because it is maximal with respect to the independent set property. For example, in the graph P_3, a path with three vertices a, b, and c, and two edges and , the sets {b} and {a, c} are both maximally independent. The set {a} is independent, but is not maximal independent, because it is a subset of the larger independent set {a, c}.
Séparateur (théorie des graphes)En théorie des graphes et en informatique théorique, un séparateur d'un graphe connexe est un sous-ensemble des sommets du graphe dont la suppression rend le graphe non-connexe. Cet objet est intéressant notamment pour décomposer un graphe en des graphes plus petits et plus simples. On appelle parfois séparateur un ensemble d'arêtes dont la suppression rend le graphe non-connexe, c'est-à-dire une coupe. Le théorème de Menger relie connectivité et séparateurs minimum. thumb|upright=1.2|Un separateur du graphe grille.
Partial cubeIn graph theory, a partial cube is a graph that is isometric to a subgraph of a hypercube. In other words, a partial cube can be identified with a subgraph of a hypercube in such a way that the distance between any two vertices in the partial cube is the same as the distance between those vertices in the hypercube. Equivalently, a partial cube is a graph whose vertices can be labeled with bit strings of equal length in such a way that the distance between two vertices in the graph is equal to the Hamming distance between their labels.
