vignette|Aspergillose causée par des champignons filamenteux, de type moisissure, du genre Aspergillus (coloration à l'hématoxyline et à l'éosine). vignette|Ulcérations nécrotiques (flèches noires) sur un Gourami nain infecté par des zoospores de l'espèce fongique épizootique . vignette|Fraise atteinte par la pourriture grise (due à un champignon ascomycète, Botrytis cinerea). vignette|Les arbres attaqués par des champignons pathogènes (ici un Sapin géant infecté par une armillaire doivent être abattus et constituent une menace pour l'industrie du bois. Un champignon pathogène est un mycète responsable d'infections fongiques. Les agents pathogènes fongiques, essentiellement des espèces de microchampignons, sont des parasites obligatoires ou facultatifs (parasite primaire ou parasite secondaire de faiblesse ou de blessure) qui peuvent causer des maladies chez les animaux (champignons zoopathogènes notamment chez les humains), chez les plantes (champignons phytopathogènes) ou chez d'autres organismes. L'intensification de l'élevage et des pratiques agricoles, la capacité microbienne à se propager via le commerce international et les mouvements accrus de population (à des fins touristiques ou migratoires), et le réchauffement climatique favorisent la dissémination de ces pathogènes et de leurs vecteurs. L'impact de ces facteurs biotiques et abiotiques dans le développement de maladies fongiques est largement sous-estimé alors qu'il contribue sensiblement depuis la fin du à la propagation des maladies infectieuses émergentes ou résurgentes qui constituent une menace pour les plantes, les animaux et la santé des écosystèmes. Les insectes sont attaqués par des milliers d'espèces de champignons entomopathogènes, les poissons par des agents ichtyopathogènes. Les champignons zoopathogènes menacent de nombreuses espèces animales en danger d'extinction : les chauves-souris (infectées notamment par Geomyces destructans), les amphibiens (Batrachochytrium dendrobatidis, responsables de la chytridiomycose) et les reptiles ( responsable de l'ophidiomycose, maladie fongique du serpent).

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vignette|La présence de sporophores en console du Polypore amadouvier sur le volis et la chandelle d'un hêtre montre que ce dernier a été attaqué par ce champignon nécrotrophe lignicole à l'origine de la pourriture blanche qui creuse le cœur de l'arbre qu'il parasite en le faisant mourir d'épuisement. La poursuite du développement de ce macromycète sur le volis entraîne une modification rapide de l'orientation de la « fructification » en croissance, afin de pouvoir projeter les spores fongiques dans les conditions optimales.
Mycose
Une mycose est une infection fongique provoquée par une ou plusieurs espèces de microchampignons parasites ou saprophytes. Les pathologies fongiques étudiées par la mycologie médicale, sont souvent subdivisées en infections appelées superficielles, mycoses sous-cutanées et mycoses systémiques. Elles concernent le plus souvent de petites zones de la peau et/ou des muqueuses. Beaucoup plus rarement le champignon envahit des organes internes (quand il s'agit des poumons ils peuvent y provoquer une infection évoquant une pneumonie ou une tuberculose pulmonaire).
Antimycosique
Un antimycosique (ou antifongique) est un médicament utilisé pour traiter les mycoses. Les polyènes sont actifs contre les levures et contre aspergillus, blastomyces, histoplasma. Ils ne sont pas résorbés par voie orale. Nystatine Amphotéricine B Natamycine Action: inhibition de l'enzyme cytochrome P450 14α-demethylase. Imidazolés : Miconazole Ketoconazole Clotrimazole Éconazole Bifonazole Butoconazole Fenticonazole Isoconazole Oxiconazole Sertaconazole Sulconazole Thiabendazole Tioconazole Triazolés (plus récents) : Fluconazole Itraconazole Isavuconazole Posaconazole Ravuconazole Voriconazole Thiazolés : Terbinafine : le plus utilisé.

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