vignette|Aspergillose causée par des champignons filamenteux, de type moisissure, du genre Aspergillus (coloration à l'hématoxyline et à l'éosine). vignette|Ulcérations nécrotiques (flèches noires) sur un Gourami nain infecté par des zoospores de l'espèce fongique épizootique . vignette|Fraise atteinte par la pourriture grise (due à un champignon ascomycète, Botrytis cinerea). vignette|Les arbres attaqués par des champignons pathogènes (ici un Sapin géant infecté par une armillaire doivent être abattus et constituent une menace pour l'industrie du bois. Un champignon pathogène est un mycète responsable d'infections fongiques. Les agents pathogènes fongiques, essentiellement des espèces de microchampignons, sont des parasites obligatoires ou facultatifs (parasite primaire ou parasite secondaire de faiblesse ou de blessure) qui peuvent causer des maladies chez les animaux (champignons zoopathogènes notamment chez les humains), chez les plantes (champignons phytopathogènes) ou chez d'autres organismes. L'intensification de l'élevage et des pratiques agricoles, la capacité microbienne à se propager via le commerce international et les mouvements accrus de population (à des fins touristiques ou migratoires), et le réchauffement climatique favorisent la dissémination de ces pathogènes et de leurs vecteurs. L'impact de ces facteurs biotiques et abiotiques dans le développement de maladies fongiques est largement sous-estimé alors qu'il contribue sensiblement depuis la fin du à la propagation des maladies infectieuses émergentes ou résurgentes qui constituent une menace pour les plantes, les animaux et la santé des écosystèmes. Les insectes sont attaqués par des milliers d'espèces de champignons entomopathogènes, les poissons par des agents ichtyopathogènes. Les champignons zoopathogènes menacent de nombreuses espèces animales en danger d'extinction : les chauves-souris (infectées notamment par Geomyces destructans), les amphibiens (Batrachochytrium dendrobatidis, responsables de la chytridiomycose) et les reptiles ( responsable de l'ophidiomycose, maladie fongique du serpent).

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