La Capitainerie générale de Saint-Domingue fut créée en 1535 et était rattachée à la Nouvelle-Espagne et à la « Real Audiencia de Saint-Domingue ». La Real Audiencia de Saint-Domingue fut créée en 1511 mais ne s'installa sur l'île de l’Hispaniola (La Española) qu'en 1526. Elle administrait toutes les Indes Occidentales avant que d'autres Audiencias ne soient progressivement créées sur le Nouveau-Monde. vignette|left|Carte des Cacicazgos (tribus indigènes) d'Hispaniola à l'arrivée des conquistadors. La capitainerie couvrait à sa création l'île de Saint-Domingue (ou Hispaniola), Cuba et Porto Rico (ces deux dernières furent séparées de la capitainerie lors de la création de la Capitainerie générale de Cuba en 1664 et celle de Port Rico en 1792), et avait pour capitale la ville de Saint-Domingue. Cependant, à partir du début du , Hispaniola fut très vite convoitée par les flibustiers français, établis dans l'île de la Tortue située sur la côte nord-ouest, d'où ils pillaient les galions espagnols qui faisaient route vers l'Espagne. La moitié occidentale de l'île allait peu à peu revenir aux boucaniers qui ravitaillaient en viande les flibustiers. vignette|left|Carte de l'île d'Hispaniola au En 1665, la colonisation française fut officiellement reconnue par Louis XIV. Bertrand d'Ogeron fut alors nommé gouverneur de cette partie de l'île qui prit le nom de Saint-Domingue. En octobre 1697, le traité de Ryswick mit fin à la guerre franco-espagnole et reconnut à la France le droit de se maintenir sur la partie occidentale de l'île (voir l'article : Histoire de Saint-Domingue), l'Espagne conservant la partie orientale. Puis la partie orientale tomba également entre les mains des français en 1795, lors de la signature du Traité de Bâle. Cette réunification fut néanmoins de courte durée, puisque l'ouest de l'île fut très vite secoué par la révolution haïtienne, que l'Expédition de Saint-Domingue envoyée par Bonaparte ne put mater, et qui aboutira à l'indépendance de la république d'Haïti, première république noire du monde, proclamée en 1804 par Jean-Jacques Dessalines (voir l'article : Histoire d'Haïti).