Base de données biologiquesLes bases de données biologiques sont des bibliothèques répertoriant des informations sur les sciences de la vie collectées grâce à des expériences scientifiques, à la littérature publiée, aux technologies expérimentales à haut débit, et aux analyses informatiques. Elles contiennent des informations venant de divers champs de recherche tels que la génomique, la protéomique, la métabolomique, la phylogénétique et les puces à ADN.
Acide xénonucléiquevignette|Le glycérol est une alternative au désoxyribose dans l'ADN Un acide xénonucléique (AXN) est un polymère synthétique, porteur d'information géne glyceétique et permettant sa prolifération et son expression selon les mêmes principes que les acides nucléiques. Le stockage et la gestion génétiques chez les êtres vivants reposent sur seulement deux polymères nucléiques, l'ADN et l'ARN. Une première découverte publiée en montre que les informations génétiques peuvent être portées par un polymère nucléique constitué de bases différentes.
KEGGKEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) désigne un ensemble de bases de données relatives aux génomes, aux voies métaboliques et aux composés biochimiques. Il a été lancé avec le programme japonais du génome humain en 1995, et est vu comme une « représentation informatique » des systèmes biologiques. Ses cinq bases de données peuvent être utilisées pour des modélisations et des simulations, ou pour rechercher et consulter des données : KEGG Atlas KEGG Pathway KEGG Genes KEGG Ligand KEGG BRITE En accès libre à l'origine et financée à ses débuts par le MEXT (Ministère), KEGG est devenu payant en .
Alignment-free sequence analysisIn bioinformatics, alignment-free sequence analysis approaches to molecular sequence and structure data provide alternatives over alignment-based approaches. The emergence and need for the analysis of different types of data generated through biological research has given rise to the field of bioinformatics. Molecular sequence and structure data of DNA, RNA, and proteins, gene expression profiles or microarray data, metabolic pathway data are some of the major types of data being analysed in bioinformatics.
Photopolymèrethumb|Plaque offset utilisant un photopolymère (en vert) Un photopolymère est un polymère qui a la particularité de subir une transformation moléculaire (polymérisation, réticulation ou dépolymérisation) sous l’action de la lumière, souvent ultraviolette, formant une différenciation physique entre les parties exposée et non exposée. Les photopolymères ont de multiples applications comme en imprimerie pour la fabrication de formes, en prototypage rapide grâce à la stéréolithographie et à l’impression 3D, en odontologie ou encore en électronique.
Protein–protein interaction predictionProtein–protein interaction prediction is a field combining bioinformatics and structural biology in an attempt to identify and catalog physical interactions between pairs or groups of proteins. Understanding protein–protein interactions is important for the investigation of intracellular signaling pathways, modelling of protein complex structures and for gaining insights into various biochemical processes.
CASPCritical Assessment of Structure Prediction (CASP), sometimes called Critical Assessment of Protein Structure Prediction, is a community-wide, worldwide experiment for protein structure prediction taking place every two years since 1994. CASP provides research groups with an opportunity to objectively test their structure prediction methods and delivers an independent assessment of the state of the art in protein structure modeling to the research community and software users.
Structural alignmentStructural alignment attempts to establish homology between two or more polymer structures based on their shape and three-dimensional conformation. This process is usually applied to protein tertiary structures but can also be used for large RNA molecules. In contrast to simple structural superposition, where at least some equivalent residues of the two structures are known, structural alignment requires no a priori knowledge of equivalent positions.
Bioinformatique structuralevignette|262x262px| Structure tridimensionnelle d'une protéine La bioinformatique structurale est la branche de la bio-informatique liée à l'analyse et à la prédiction de la structure tridimensionnelle des macromolécules biologiques telles que les protéines, l'ARN et l'ADN. Elle traite des généralisations sur les structures tridimensionnelles des macromolécules, telles que les comparaisons des repliements globaux et des motifs locaux, les principes du repliement moléculaire, l'évolution, les interactions de liaison et les relations structure/fonction, en travaillant à la fois à partir de structures résolues expérimentalement et de modèles informatiques.
Chémostatvignette|Un chémostat classique avec son affluent ("feed") et son effluent. vignette| Récipient chémostatique fermé avec flux de milieu de culture entrant continu et régulable, ainsi que flux sortant, utilisé pour une culture contrôlée de micro-organismes. Le système maintient un volume et un niveau d'aération constants. Le taux de croissance du micro-organisme est contrôlé par la modification de l'afflux de milieu frais, tandis que la densité de population est régulée en modifiant la concentration en nutriment limitant.
