Helium atomA helium atom is an atom of the chemical element helium. Helium is composed of two electrons bound by the electromagnetic force to a nucleus containing two protons along with either one or two neutrons, depending on the isotope, held together by the strong force. Unlike for hydrogen, a closed-form solution to the Schrödinger equation for the helium atom has not been found. However, various approximations, such as the Hartree–Fock method, can be used to estimate the ground state energy and wavefunction of the atom.
Molecular design softwareMolecular design software is notable software for molecular modeling, that provides special support for developing molecular models de novo. In contrast to the usual molecular modeling programs, such as for molecular dynamics and quantum chemistry, such software directly supports the aspects related to constructing molecular models, including: Molecular graphics interactive molecular drawing and conformational editing building polymeric molecules, crystals, and solvated systems partial charges development g
Corrélation électroniqueDans les calculs quantique de structure électronique, le terme de corrélation électronique décrit une part de l'énergie d'interaction entre électrons lié à leur influence mutuelle. Ce terme d’interaction représente la différence entre une solution Hartree Fock (sur une base de déterminants de Slater, antisymétrisée vis-à-vis de l'échange de 2 électrons) et la solution exacte du problème (voir figure ci-dessous). Dans la méthode de Hartree-Fock en chimie quantique, la fonction d'onde antisymétrique est approximée par un seul déterminant de Slater.
Champ multi-configurationnel auto-cohérentLe champ multi-configurationnel auto-cohérent (Multi-configurational self-consistent field - MCSCF) est une méthode de chimie quantique utilisée pour générer qualitativement des états de référence corrects pour des molécules dans les cas où la méthode de Hartree-Fock et la théorie de la fonctionnelle de la densité ne sont pas pertinentes (comme pour les états fondamentaux moléculaires qui sont dégénérés avec des états excités bas ou dans les situations de rupture de liaisons).
Théorie de la fonctionnelle de la densitéLa théorie de la fonctionnelle de la densité (DFT, sigle pour Density Functional Theory) est une méthode de calcul quantique permettant l'étude de la structure électronique, en principe de manière exacte. Au début du , il s'agit de l'une des méthodes les plus utilisées dans les calculs quantiques aussi bien en physique de la matière condensée qu'en chimie quantique en raison de son application possible à des systèmes de tailles très variées, allant de quelques atomes à plusieurs centaines.
Base (chimie quantique)Une base en chimie quantique est un ensemble de fonctions utilisées afin de modéliser des orbitales moléculaires, qui sont développées comme combinaisons linéaires de telles fonctions avec des poids ou coefficients à déterminer. Ces fonctions sont habituellement des orbitales atomiques, car centrées sur les atomes, mais des fonctions centrées sur les liaisons ou les fonctions centrées des doublets non liants ont été utilisées comme l'ont été des paires de fonctions centrées sur les deux lobes d'une orbitale p.
Electronic structureIn physics, electronic structure is the state of motion of electrons in an electrostatic field created by stationary nuclei. The term encompasses both the wave functions of the electrons and the energies associated with them. Electronic structure is obtained by solving quantum mechanical equations for the aforementioned clamped-nuclei problem. Electronic structure problems arise from the Born–Oppenheimer approximation. Along with nuclear dynamics, the electronic structure problem is one of the two steps in studying the quantum mechanical motion of a molecular system.
John Lennard-JonesJohn Edward Lennard-Jones (, Leigh, Lancashire (actuellement Grand Manchester) - , Stoke-on-Trent, Staffordshire), est un physicien théoricien et chimiste théoricien anglais. Élu membre de la Royal Society en 1933. Titré chevalier commandeur de l'ordre de l'Empire britannique (KBE) en 1946. Médaille Davy de la Royal Society en 1953. Stephen G Brush, Lennard-Jones, John Edward, Dictionary of Scientific Biography 8 (1973), 185-187 Potentiel de Lennard-Jones Énergie potentielle Potentiel interatomique Catégori
Amarrage (moléculaire)vignette|Petite molécule amarrée à une protéine. Dans le domaine de la modélisation moléculaire, l’amarrage (en anglais docking) est une méthode qui calcule l'orientation préférée d'une molécule vers une seconde lorsqu'elles sont liées pour former un complexe stable. Connaître l'orientation préférée sert à prévoir la solidité de l'union entre deux molécules. Les associations entre des molécules d'importance biologique, telles que les protéines, les acides nucléiques, les glucides et les matières grasses jouent un rôle essentiel dans la transduction de signal.
PyMOLPyMOL est un logiciel libre de visualisation de structures chimiques en 3D créé par Warren DeLano. Il est principalement utilisé par les étudiants, les professeurs et les chercheurs en chimie et en biologie structurale. Il est développé en Python et est multiplateformes. Ainsi, il fonctionne sous Windows, Mac OS X, Linux et les systèmes Unix. Ce logiciel est régulièrement utilisé pour produire des images 3D de grande qualité pour la publication scientifique.
