La pharmacognosie (du grec pharmakon drogue, venin, poison et gnosis connaissance) ou matière médicale, est la science appliquée traitant des matières premières et des substances à potentialité médicamenteuse d’origine biologique ou minérale. Ces substances d’origine biologique sont issues de végétaux, d'animaux, de champignons ou de microbes (ex : issu de fermentation à partir de micro-organismes).
Le médicament est la partie de l'organe, l’organe entier ou encore la totalité d’une plante, d’un champignon (drogue végétale) ou d’un animal (drogue animale).
Le traité de matière médicale du grec Dioscoride du décrit l'utilisation médicale de plus de 800 substances, dont une grosse majorité sont des végétaux, le reste étant des animaux et des minéraux. L'ouvrage traduit en latin a été transmis depuis le : un des exemplaires les plus fameux, datant du , en est le Dioscoride de Vienne.
Dioscoride#La réception de l’œuvre
Un renouveau de la matière médicale s'effectue à partir de la Renaissance Italienne, en liaison avec l'humanisme (retour aux sources antiques), la découverte de l'Amérique et de ses nouveaux produits, l'apparition de médicaments chimiques (chimie de Paracelse). Des cités-États, comme la république de Venise, cherchent à contrôler la production de médicaments. Au début du , Venise est l'une des rares puissances à pouvoir se procurer directement tous les produits de toutes les parties du monde.
Ainsi, les premières chaires de matière médicale Materia Medica sont fondées à l'Université de Padoue en 1533, puis à celle de Bologne en 1534, et à celle de Pise en 1544.
À partir du , les efforts des scientifiques pour comprendre la physiologie humaine, les processus de la maladie et le modes d'action des remèdes allaient peu à peu faire disparaître l'usage traditionnel des plantes médicinales. Bien que l'apport de Dioscoride fut important à la construction des savoirs pharmacologiques, il fallut pour des raisons épistémologiques rejeter les auteurs de l'Antiquité pour établir de nouvelles approches plus rigoureuses et plus objectives.
