Êtes-vous un étudiant de l'EPFL à la recherche d'un projet de semestre?
Travaillez avec nous sur des projets en science des données et en visualisation, et déployez votre projet sous forme d'application sur Graph Search.
Concept
Taux de GC
Résumé
Le taux de GC (ou pourcentage de GC, ou coefficient de Chargaff) d'une séquence d'ADN est défini comme la proportion de bases nucléiques de cette séquence étant soit une guanine (G), soit une cytosine (C). Il existe deux bases nucléiques supplémentaires, l'adénine (A) et la thymine (T), entrant dans la composition de l'ADN. De plus, la cytosine est toujours liée à la guanine, et l'adénine est toujours liée à la thymine. Ainsi, le taux de GC exprime aussi le pourcentage de liaisons G-C dans la molécule d'ADN.
Le taux de GC d'une séquence est calculé d'après la formule:
où G désigne le nombre de guanines dans la séquence, A le nombre d'adénines, C celui de cytosines et T celui de thymines.
Il existe aussi d'autres calculs plus particuliers du taux de GC. Les taux de GC1, GC2 et GC3 sont respectivement les taux de GC des premières, deuxièmes et troisièmes positions des codons. Ainsi, pour déterminer le GC1 d'une séquence codante, on ne considère que les nucléotides situés en première position d'un codon (c'est-à-dire un nucléotide sur 3). Le taux de GC4 désigne le taux de GC de l'ensemble des sites dégénérés 4 fois (c'est-à-dire dont le changement de base, quel qu'il soit, donne toujours le même acide-aminé) de la séquence. Le taux de GC* correspond au taux de GC théorique d'une séquence à l'équilibre, compte tenu des taux de mutations AT → CG et CG → AT.
Le taux de GC est très peu homogène, aussi bien entre les espèces qu'au sein du génome d'une espèce. Le taux de GC peut cependant être homogène sur une certaine région de l'ADN, laquelle est alors appelée isochore (c.-à-d. "à volume constant"). De nombreuses corrélations entre le taux de GC et diverses caractéristiques génomiques ont été établies, mais les théories expliquant ces corrélations restent encore controversées.
Ainsi, les régions chromosomiques riches en GC sont en moyenne enrichies en gènes, et les gènes sont alors plus compacts (c'est-à-dire que la proportion d'introns par rapport aux exons est plus faible). Les régions riches en GC sont aussi appauvries en rétroéléments et en LINEs.
Source officielle
À propos de ce résultat
Cette page est générée automatiquement et peut contenir des informations qui ne sont pas correctes, complètes, à jour ou pertinentes par rapport à votre recherche. Il en va de même pour toutes les autres pages de ce site. Veillez à vérifier les informations auprès des sources officielles de l'EPFL.
Publications associées (13)