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Concept
Thermocycleur
Résumé
thumb|250px|Le Mastercycleur 5330, un thermocycleur produit par Eppendorf
Le thermocycleur (aussi appelé cycleur thermique ou machine PCR) est un appareil automatisant la réaction de PCR « classique » ou « point final ».
L'appareil est muni d'un bloc thermique (« thermal block ») avec des trous où l'on peut insérer les tubes contenant le mélange réactionnel de la PCR.
Certains modèles permettent d'effectuer des gradients thermiques, d'un côté du bloc thermique à l'autre. Cette fonction est utilisée lorsqu'on veut trouver la meilleure température d'hybridation pour un couple d'amorces donné.
Les appareils modernes sont équipés d'un toit chauffant qui presse sur les capuchons des tubes, évitant l'évaporation du mélange réactionnel et donc de devoir mettre une couche d'huile minérale dans le tube, au-dessus du milieu réactionnel.
Un clavier composé de quelques touches et un écran à cristaux liquides permettent d'entrer des programmes dans la mémoire de la machine.
Le premier prix pour un thermocycleur est d'environ 500 US$.
Programme exemple :
95 °C pendant 10 à 15 minutes (en cas d'enzyme Hot Start)
environ 30 cycles composés de :
95 °C pendant 30 secondes (étape de dénaturation)
Tm -2 °C (par exemple 55 °C) pendant 1 minute (étape d'hybridation ou annealing)
72 °C pendant 1 minute (étape d'élongation)
72 °C pendant 5 minutes
40 °C pendant 1 minute (cooling)
Note : l'étape d'élongation est définie en fonction de la longueur attendue du fragment à amplifier. On considère que la Taq polymérase synthétise environ 1 000 bases/minute. Pour une longueur attendue de 500 pb, 30 secondes d'élongation sont suffisantes.
Ne comprend généralement qu'une vingtaine de cycles.
Ce programme est généralement appelé « DENAT ». Il consiste en une unique étape à 95 °C pendant 10 ou 15 minutes. À la fin du cycle, il faut être présent pour sortir rapidement les barrettes d'échantillons pour les plonger rapidement dans la glace. Attention, le bloc du thermocycleur est chaud, il ne faut pas se brûler.
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