L’université Masaryk (en Masarykova univerzita) de Brno est le second établissement de l'enseignement supérieur tchèque par le nombre des étudiants qui y étudient (après l’Université Charles de Prague). Elle accueille actuellement (2020) dans dix facultés. L'université participe aux échanges inter-universitaires européens du réseau d'Utrecht et du Groupe de Compostelle. Créée le , elle est nommée en l'honneur de Tomáš Masaryk, professeur à l'Université Charles de Prague et premier président de la Tchécoslovaquie. C'est la troisième université fondée en Tchéquie après l'université Charles de Prague et l'université Palacký, à Olomouc. En 1919-1920, le poste du recteur est occupé par Karel Engliš, économiste tchèque et fondateur de la théorie économique téléologique, l'un des plus importants théoriciens de l'économie dans l'entre-deux-guerres et cofondateur de l'université Masaryk. À sa fondation l'université possède quatre facultés : juridique, médicale, scientifique et philosophique. Sa fondation a été rendue possible après la chute de la monarchie austro-hongroise, à cause de la résistance du conseil municipal, composé de germanophones qui craignaient la montée en puissance des habitants tchèques de Brno. La ville était à cette époque bilingue. Les marques de soutien pour la construction de l'université commencent dès 1905. Dès le début, l'université pâtit du manque d'argent pour son développement. Le mauvais état des finances publiques entre 1923 et 1925 puis entre 1933 et 1934 font envisager la fermeture des facultés des lettres et des sciences. Elles restent finalement en place jusqu'au , date de la fermeture de l'université à la suite de l'occupation allemande. Plusieurs professeurs sont torturés voire exécutés : la faculté des sciences perd un quart de son personnel enseignant. La plupart des exécutions ont lieu au camp de Mauthausen en 1942. La réouverture de l'université après la guerre est interrompue par la prise du pouvoir par les communistes. Le pourcentage des étudiants expulsés va de 5 % pour la faculté de pédagogie à 40 % pour celle de droit.