thumb|Exemple d'image d'un Acarien (Aceria anthocoptes) prise au microscope électronique à balayage La photomicrographie est l'ensemble des techniques photographiques permettant de photographier des sujets à l'aide d'un microscope composé. Le terme désigne aussi l'activité photographique associée à ces techniques. Les rapports de grandissement en photomicrographie se situent en général au-delà du rapport de grandissement 10:1 sur la cible photographique (film ou capteur) (dix fois plus gros sur la cible photographique que la taille réelle). En deçà, et à partir de 1:1, on parle de macrophotographie, technique plus accessible au grand public avec des compléments optiques plus simples à l'appareil photographique. Mais les deux techniques se concurrencent dans le domaine de grandissement de 10:1 à 50:1 car elles ne se distinguent que par l'usage de l'outil, microscope composé, en photomicrographie. La photomicrographie est surtout utilisée en imagerie médicale, pour l'étude des matériaux, etc. Mary Kingdon Heslop (1885-1955), géologue et géographe anglaise est l'une des premières femmes à travailler en sciences à Londres. C'est une pionnière de l'utilisation de la photomicrographie couleur. Elle fait partie des premières femmes membres de la Société géologique de Londres et la première femme chargée de cours en géographie à l'université de Leeds. On peut coupler un appareil photo à un microscope, voire à un stéréomicroscope, à l'aide d'une fixation entre les deux appareils. C'est le même principe de couplage que pour l'astrophotographie amateur, où l'appareil photo est couplé à une lunette astronomique ou un télescope (montage afocal ou digiscopie). Mais plus souvent, l'oculaire du microscope est remplacé par un projectif qui va former une image réelle sur le capteur de l'appareil photographique dont on a enlevé l'objectif au préalable. La lumière est moindre pour un sujet microscopique, d'autant que son trajet est plus long (tube du microscope + tube de l'appareil photo).

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Microscope confocal
vignette|upright=2|Schéma de principe du microscope confocal par Marvin Minsky en 1957. vignette|upright=1.5|Principe de fonctionnement du microscope à fluorescence puis du microscope confocal. Un microscope confocal, appelé plus rarement microscope monofocal, est un microscope optique qui a la propriété de réaliser des images de très faible profondeur de champ (environ ) appelées « sections optiques ».
Microscope optique
Le microscope optique ou microscope photonique est un instrument d'optique muni d'un objectif et d'un oculaire qui permet de grossir l'image d'un objet de petites dimensions (ce qui caractérise sa puissance optique) et de séparer les détails de cette image (et son pouvoir de résolution) afin qu'il soit observable par l'œil humain. Il est utilisé en biologie, pour observer les cellules, les tissus, en pétrographie pour reconnaître les roches, en métallurgie et en métallographie pour examiner la structure d'un métal ou d'un alliage.
Microscopie électronique à balayage
thumb|right|Premier microscope électronique à balayage par M von Ardenne thumb|right|Microscope électronique à balayage JEOL JSM-6340F thumb|upright=1.5|Principe de fonctionnement du Microscope Électronique à Balayage La microscopie électronique à balayage (MEB) ou scanning electron microscope (SEM) en anglais est une technique de microscopie électronique capable de produire des images en haute résolution de la surface d’un échantillon en utilisant le principe des interactions électrons-matière.
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