L’isthme de Panama est une étroite bande de terres se trouvant entre la mer des Caraïbes et l'océan Pacifique, reliant l'Amérique du Sud et l'Amérique du Nord. À son point le plus étroit, l'isthme mesure 50 km de large.
D'après Henry Fairfield Osborn en 1910, sur la base des mammifères fossiles en Amérique centrale, il s'était formé il y a d'années durant le Pliocène. En 2015, d'autres chercheurs ont contesté cette datation, affirmant qu'il avait en fait été formé bien plus tôt, durant le Miocène moyen il y a d'années.
Il constitue l'essentiel du territoire de la République de Panama, et est coupé en deux par le canal de Panama. Comme beaucoup d'isthmes, c'est un endroit de grande importance stratégique.
Avant que l'isthme ne soit créé, une mer couvrait la région du canal de Panama ; la séparait alors les continents de l'Amérique du Nord et du Sud, et les eaux des océans pacifique et atlantique se mélangeaient librement. Sous la surface, deux plaques de la croûte terrestre entrent lentement en collision en forçant la plaque pacifique à plonger sous la plaque des Caraïbes. La pression et la chaleur de cette collision donnent lieu à la formation de volcans sous-marins, et quelques-uns d'entre eux forment des îles il y a d'années. Au même moment, le mouvement des deux plaques pousse le sol marin vers la surface, et aboutit à l'émergence de surfaces sous-marines au-dessus du niveau de la mer.
Au cours du temps, de larges quantités de sédiments (sable, terre et boue) provenant de l'Amérique du Nord et de l'Amérique du Sud comblent les espaces entre les îles nouvellement formées. Au cours des millions d'années, les sédiments ont rempli tous les espaces libres. Il y a entre d'années durant le Pliocène ou le Miocène, un isthme complet s'est formé entre l'Amérique du Sud et l'Amérique du Nord : l'isthme s'est fermé. Cette fermeture a eu pour conséquence un changement dans la circulation des océans conduisant les courants chauds poussés par les alizés à prendre le sens inverse, ce qui conduit à la création du Gulf Stream et un englacement du Groenland par apport d'humidité se déposant sous forme de neige pour former un inlandsis.