thumb|Pomme de terre et ses tubercules caulinaires souterrains.
En botanique, un tubercule (du latin tuberculum, une petite bosse) est une tige ou une racine qui résulte soit de la tubérisation d'entre-nœuds soit de la tubérisation de l'extrémité d'une tige. Cet organe de réserve assure la survie des plantes pendant la saison d'hiver ou en période de sécheresse, et souvent leur multiplication par voie végétative. Par extension, ce tubercule caulinaire désigne toute partie souterraine tubérisée, voire un organe aérien tubérisé (bulbille).
Le tubercule est comme le bulbe d'origine caulinaire et renflé par l'accumulation de substances de réserve. Mais le bulbe correspond à une tige souterraine qui résulte d'une tubérisation de feuilles (écailles) ou de gaines de feuilles, et utilisée comme organe de stockage de nourriture par une plante à dormance.
Les organes transformés en tubercules peuvent être :
la racine : carotte, panais, dahlia, patate douce, (tubercule racinaire) ;
la tige souterraine (rhizome) : pomme de terre, crosne du Japon, igname, topinambour, iris (tubercule caulinaire) ;
la base de la tige (plus précisément l'hypocotyle) : navet, rutabaga, chou-rave, céleri-rave (tubercule hypocotylaire) ;
l'ensemble racine + hypocotyle : betterave, radis (tubercule mixte).
Tubercule de radis.jpg|Morphologie d'un tubercule de radis
Solanum tuberosum 02.jpg|Tubercules de pomme de terre ''([[Solanum tuberosum]])''
Helianthus tuberosus.jpg|Tubercules de topinambour (''[[Helianthus tuberosus]])''
Peru Oca y mashua.jpg|Tubercules cuits d{{'}}''oca'' ''([[Oxalis tuberosa]])'' et ''mashua'' ''([[Tropaeolum tuberosum]])''
Bulbifera.jpg|Tubercules aériens de ''[[Dioscorea bulbifera]]''
Les substances de réserves accumulées dans les tubercules sont le plus souvent des glucides :
amidon, cas le plus général : pomme de terre, igname... ;
inuline, cas des Astéracées : topinambour, dahlia , Yacon ;
saccharose : betterave sucrière.
vignette|Parenchyme de réserve, à cellules riches en amyloplastes et méats dans une racine de Ficaire.