vignette|318x318px|Flagellation d'une femme en Indonésie, en 2015.
La flagellation est un acte qui consiste à fouetter le corps humain avec un fouet, des lanières, ou une tige souple, ou encore tout autre objet du même type.
Souvent utilisé comme châtiment corporel, le terme flagellation revêt une multiplicité de sens, disciplinaire, religieux, médical, ou même érotique.
Le fouet a été utilisé par toutes les civilisations et est encore employé dans certains pays ou régions, comme ceux appliquant la charia.
Dans la torture, la flagellation est souvent un préliminaire à d'autres tortures. Le nombre de coups est généralement très élevé. Si les coups infligés sont trop nombreux, ils peuvent conduire à la mort.
Les Romains utilisaient comme châtiment corporel la fustigation (par des verges ou le la, « bâton »), peine appliquée aux citoyens ou aux affranchis car jugée moins infamante ; la flagellation avec un fouet (le la) ou le flagrum appliquée aux non-citoyens, libres ou esclaves qui ont commis des actes criminels ; la la (littéralement « coup ») est le châtiment le plus sévère : administrée par le la ou le flagrum à une telle intensité qu'elle mutile le supplicié, voire le tue, cette torture est souvent le préliminaire à la peine de mort. Les définitions de ces châtiments ayant souvent tendance à se recouvrir, elles étaient rarement précisées par écrit dans les sentences de jugement. Le droit romain ne fixait pas le nombre de coups donné (il dépendait bien souvent du caprice du bourreau ou de maintenir en vie le torturé avant qu'il ne soit crucifié) alors que le droit hébraïque le limitait à 40 afin d'éviter la mort du supplicié.
Au Moyen Âge, la flagellation est répandue en France, comme partout dans le monde, excepté dans la noblesse. Ce sera également le cas durant toute la période de l'Ancien Régime.
Aux , la bastonnade, et la flagellation avec une corde goudronnée, étaient des punitions fréquemment pratiquées dans les bagnes, dans la marine, et durant l'esclavage.