L'expression génocide bosniaque fait référence stricto sensu au massacre de Srebrenica perpétré en par les forces serbes. Dans un sens plus large, l'expression inclut le nettoyage ethnique réalisé de 1992 à 1995 dans les zones contrôlées par l'Armée de la République serbe de Bosnie (VRS) lors de la guerre de Bosnie-Herzégovine.
On estime par ailleurs le nombre de morts en à environ personnes dont lors du massacre de Srebrenica. Pendant cette période, on dénombre aussi l'expulsion de à par des unités de la VRS dirigées par le général Ratko Mladić.
Quant à lui, le nettoyage ethnique s'est effectué dans des zones contrôlées par des Serbes de Bosnie majoritairement orthodoxes envers des Bosniaques majoritairement musulmans et des Croates de Bosnie majoritairement catholiques. La campagne de nettoyage ethnique a été caractérisée par des emprisonnements arbitraires, des meurtres, viols, torture, vols, ciblage de leaders de toutes sortes (politiques, intellectuels, professionnels), déportation, destructions systématiques d'habitations dans les cas ou celles-ci étaient majoritairement peuplées de Bosniaques (Ex.: tous les villages alentours de la ville de Prijedor, Sanski Most, Kljuc, Bijeljina, Gacko...etc.) et/ou Croates (concerne quasiment tous les villages de la région de Posavina et Semberija comme de la Krajina), de commerces, de lieux de travail, et la destruction des lieux de culte.
Différentes instances et juridictions se sont prononcées sur la question de la qualification des faits commis.
Le , le préambule de la résolution 47/121 de l'Assemblée générale des Nations relative à la situation en Bosnie-Herzégovine assimile le nettoyage ethnique à une forme de génocide.
En , le Congrès des États-Unis adopte une résolution déclarant que « les politiques serbes d'agression et de nettoyage ethnique remplissent les critères définissant le génocide ».
vignette|Exhumation des victimes du massacre de Srebrenica
En 2001, le Tribunal pénal international pour l'ex-Yougoslavie prononce sa première condamnation pour génocide s'agissant de faits intervenus à Srebrenica.