Diagramme de RamachandranLe diagramme de Ramachandran est une représentation graphique permettant d'analyser la conformation du squelette polypeptidique des protéines. Pour chaque acide aminé de la protéine, on porte la valeur de l'angle diédral φ en abscisse et celle de l'angle diédral ψ en ordonnée, pour des valeurs de -180 à +180 degrés. En raison de la périodicité aux limites du diagramme, la représentation de Ramachandran est formellement équivalente à un tore déplié.
Projection de Newmanvignette|3 conformères du n-butane (CH3-CH2-CH2-CH3) en vue de Newman : au centre de la figure figurent les deux atomes de carbone du milieu de la chaine, les 3 différentes conformations stables placent relativement les groupements méthyles de chaque extrémité de la chaîne de carbone respectivement à 60° (conformation « gauche»), 180° (conformation « anti », la plus stable) ou 0° (conformation « éclipsée »).
Conformation éclipséeIn chemistry an eclipsed conformation is a conformation in which two substituents X and Y on adjacent atoms A, B are in closest proximity, implying that the torsion angle X–A–B–Y is 0°. Such a conformation can exist in any open chain, single chemical bond connecting two sp3-hybridised atoms, and it is normally a conformational energy maximum. This maximum is often explained by steric hindrance, but its origins sometimes actually lie in hyperconjugation (as when the eclipsing interaction is of two hydrogen atoms).
Réaction d'éliminationEn chimie organique, une élimination (ou β-élimination) est une réaction organique qui transforme un alcane substitué (halogénoalcanes, alcools...) en dérivé éthylénique, voire en alcène, si la molécule de départ, outre le groupe partant, n'est qu'une chaîne carbonée de type alcane. Les conditions sont, en plus dures, celles d'une substitution nucléophile, réaction proche par de nombreux aspects et concurrente : l'élimination se produit en présence d'une base forte et en chauffant le mélange réactionnel.
PentaneLe pentane, ou n-pentane, est un alcane linéaire de formule . Le terme pentane désigne aussi par extension abusive les deux autres isomères : le 2-Méthylbutane (isopentane) et le 2,2-Diméthylpropane (néopentane). Ces diverses molécules comportent toutes cinq [en grec πέντε (pénte), cinq] atomes de carbone. Le cyclopentane, également avec cinq atomes de carbone, est de composition différente : . Le pentane est un solvant couramment utilisé en chimie organique. Le pentane est un fluide frigorigène, de code R601.
AtropoisomèreUn atropoisomère ou atropisomère est un cas spécial d'énantiomère axial dû au blocage de la rotation autour d'une liaison simple (rotamérie). Il s'agit d'une sous-classe de rotamères dans laquelle la barrière énergétique due à l'encombrement stérique est tellement élevée qu'elle permet d'isoler les rotamères. Le terme atropoisomère est dérivé de l'« a » grec privatif et de « tropos » qui signifie tourner, accolé à isomère. Ce nom, atropoisomère, a été inventé par R.
HyperconjugaisonEn chimie organique, l’hyperconjugaison est l'interaction des électrons d'une liaison σ (habituellement C–H ou C–C) avec une orbitale adjacente ou partiellement remplie, si c'est une orbitale p antiliante, une orbitale antiliante, une orbitale π ou une orbitale π saturée, formant ainsi une orbitale moléculaire élargie qui augmente la stabilité du système. Le terme a été inventé en 1939 par Robert Mulliken dans le cadre de ses travaux sur la spectroscopie UV de molécules conjuguées.
Vicinal (chimie)En chimie, le terme vicinal (du latin vicinus = voisin) désigne deux groupes fonctionnels attachés à deux atomes de carbone adjacents i.e. en α l'un de l'autre. Par exemple (voir la figure), la molécule de 2,3-dibromobutane contient deux atomes de brome vicinaux tandis que le 1,3-dibromobutane n'en a pas. De la même façon, dans un gem-dibromure, le préfixe gem, une abréviation de géminal, signale que les deux atomes de brome sont situés sur le même atome. Par exemple, le 1,1-dibromobutane est géminal.
Tension de cycleEn chimie organique, la tension de cycle ou contrainte cyclique désigne la déstabilisation d'une molécule cyclique, telle un cycloalcane, causée par l'orientation spatiale des atomes qui la composent. Cette tension provient d'une combinaison (1) de contrainte d'angle, (2) de contrainte de torsion (ou tension de Pitzer) et (3) de la tension trans-annulaire (ou contrainte de van der Waals).
Conformation décaléeIn organic chemistry, a staggered conformation is a chemical conformation of an ethane-like moiety abcX–Ydef in which the substituents a, b, and c are at the maximum distance from d, e, and f; this requires the torsion angles to be 60°. It is the opposite of an eclipsed conformation, in which those substituents are as close to each other as possible. Such a conformation exists in any open chain single chemical bond connecting two sp3-hybridised atoms, and is normally a conformational energy minimum.
