En linguistique, un isolat est une langue dont on ne peut pas démontrer de filiation (ou « relation génétique ») avec d'autres langues vivantes. La langue basque, le coréen (anciennement), l'aïnou, le yagan (Chili) ou encore le bourouchaski (nord du Pakistan) sont des isolats. Comme ce que l'on ne parvient pas à démontrer aujourd'hui peut l'être demain, la qualification d'isolat d'une langue est susceptible d'évoluer dans le temps.
Certaines langues deviennent des isolats lorsque toutes les langues auxquelles elles sont reliées s'éteignent. C'est par exemple le cas de la langue pirahã au Brésil, dernier survivant de la famille mura. D'autres, comme le basque, sont des isolats depuis que leur existence est documentée.
Malgré son nom, le terme « isolat » n'implique pas du tout l'isolement d'une communauté : ainsi, le basque a toujours entretenu des contacts nourris avec les langues celtiques, puis romanes, qui l'entouraient. Les isolats s'expliquent généralement par des vagues successives de migrations, et au phénomène de remplacement linguistique : à mesure que les diverses langues d'une même famille, anciennement présentes dans la région, sont abandonnées en faveur des nouvelles langues dominantes, certains phylums ne survivent plus, au bout du compte, qu'à travers un unique représentant.
Le terme de filiation (ou « relation génétique ») doit être compris dans le sens de celui entendu par l'histoire des langues, selon laquelle la quasi-totalité des langues parlées dans le monde peuvent être rassemblées par familles issues de langues ancestrales communes. Par exemple, le français, issu du latin, appartient à la famille des langues indo-européennes, le mandarin à la famille des langues sino-tibétaines. Selon ce critère de classification, chaque isolat constitue une famille à lui seul, ce qui explique l'intérêt que leur portent les linguistes. Cependant certains linguistes estiment que l'on peut regrouper plusieurs familles en superfamilles ou macrofamilles, mais cela reste des filiations (phyla) théoriques.