Le projet microbiote humain (en anglais, Human Microbiome Project ou HMP) est une initiative des National Institutes of Health (NIH) américains dont le but est d'identifier et de caractériser l'ensemble des micro-organismes qui vivent en association avec les humains, le microbiote. Lancé en 2008, ce projet de cinq ans, d'un budget total de $115 millions, avait pour but de découvrir les liens entre l'état de santé et les maladies d'une part et le microbiote des personnes impliquées dans cette étude.
Le projet microbiote humain comprend les objectifs suivants :
établir un ensemble de séquences génomiques microbiennes de référence et effectuer la caractérisation préliminaire du microbiote humain ;
explorer la relation entre les maladies et les changements du microbiote humain ;
développer de nouveaux outils technologiques pour l'analyse computationnelle ;
établir un référentiel de ressources ;
étudier les implications éthiques, juridiques et sociales de la recherche sur le microbiote humain.
Plus de 190 publications évaluées par les pairs sont répertoriées sur le site web du projet de à . Les données sur le génome microbiens ont été extraites en identifiant l'ARN ribosomal spécifique bactérienne, l'ARNr 16S. Les chercheurs ont calculé que plus de 10 000 espèces microbiennes occupent l'écosystème humain et ont identifié de 81 % à 99 % des genres concernés.
Le , une étape importante du projet microbiote humain (HMP) a été annoncé par Francis Collins, le directeur des National Institutes of Health. En cartographiant les génomes des micro-organismes du microbiote de personnes en bonne santé, les chercheurs du HMP ont pu créer une base de données de référence et établir les limites de variation microbienne normale chez l'homme.
S'y ajoutent des résultats préliminaires qu'il reste à confirmer. On estime par exemple que les gènes codant des protéines des bactéries hébergées chez l'humain seraient 360 fois plus nombreux que les gènes humains. Plusieurs de ces gènes microbiens seraient nécessaires à la survie de l'homme.
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vignette|upright=2|Phytobiome (ou microbiome d'un végétal) occupant l'endosphère (toute la plante) et ici aussi représenté compartimenté, dont en rhizosphère (sur et à proximité des racines), et phyllosphère (sur et sous les feuilles uniquement). On retrouve aussi sur (voire dans) la plante des microbes plus ou moins ubiquistes et opportunistes, éventuellement pathogènes provenant de l'air et du sol.
vignette|upright=1.5|Représentation schématique de la couche cornée de la peau, et du film cutané recouvert d'une communauté de micro-organismes opportunistes commensaux habituels de l'homme, formant le microbiote cutané. thumb|Structure superficielle et micro-relief de la peau (biotope de la microflore externe humaine) thumb|Le dos est l'une des régions du corps qui abrite le plus de bactéries (après les mains, le cuir chevelu et le visage).
L'écologie microbienne aborde la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat (environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux, avec leur milieu et/ou avec un hôle (holobionte). Les micro-organismes étant très nombreux, ubiquistes (présents partout dans le monde), très diversifiés, très adaptatifs, ont une importance primordiale dans de nombreux domaines.
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Understanding the ecological impacts of viruses on natural and engineered ecosystems relies on the accurate identification of viral sequences from community sequencing data. To maximize viral recovery from metagenomes, researchers frequently combine viral ...
Forest soils harbor hyper-diverse microbial communities which fundamentally regulate carbon and nutrient cycling across the globe. Directly testing hypotheses on how microbiome diversity is linked to forest carbon storage has been difficult, due to a lack ...