NOTOC [[Fichier:1685 - Inquisição Portugal.jpg|vignette|upright=1.0|Gravure Die Inquisition in Portugall par Jean David Zunner d'après Description de L'Univers, Contenant les Differents Systemes de Monde, Les Cartes Generales & Particulieres de la Geographie Ancienne & Moderne par Alain Manesson Mallet, Frankfurt, 1685 (collections privées du Nuno Carvalho de Sousa, Lisbonne).]] vignette|Juifs sur le bûcher (d'autres portent le sambenito), Portugal, XVI° s. L’Inquisition au Portugal ou Inquisition portugaise est comparable à son homologue espagnole. Manuel , roi du Portugal, épouse l'infante d'Espagne Isabelle le . Le , un décret royal accorde 10 mois aux Juifs et aux musulmans pour quitter le pays. Le roi se ravise et, le vendredi , il ordonne le baptême de tous les enfants du royaume pour le dimanche suivant, ce qui donne lieu à de terribles scènes, d'autant qu'une partie de ces Juifs venaient de se réfugier au Portugal en 1492, après avoir été expulsés d'Espagne. Puis en 1499, Manuel comprenant que son royaume risquait de perdre plus que ses Juifs en les expulsant, publie un décret interdisant aux conversos de quitter le pays. L'Inquisition devient officielle avec la nomination de , confesseur de Manuel, comme Inquisiteur général en . Mais des conversos influents réussissent à la faire suspendre. Charles Quint pèse de tout son poids pour le rétablissement d'une Inquisition à l'espagnole. La décision est prise le sous le pontificat de Paul III. Mais les conversos réussissent encore par de multiples tractations avec le pape à restreindre les pouvoirs du Saint-Office et même à le suspendre en 1544. Malgré tout, en 1547, l'Inquisition est formellement établie par Jean III. Les conversos se battent une dernière fois sur la question du pouvoir de confiscation. Cette arme est finalement concédée aux tribunaux, et le Portugal se dote ainsi d'une Inquisition indépendante plus terrible encore que son modèle espagnol. En effet, la conversion au catholicisme y est imposée à tous les Juifs et n'est pas assortie, contrairement à l'Espagne, de la possibilité d'émigrer.