vignette|Temple bouddhiste Sensō-ji d'Asakusa
Il existe de nombreuses religions au Japon mais les deux principales sont le shintoïsme et le bouddhisme. Ces deux religions peuvent s'exprimer simultanément sous la forme d'un syncrétisme ancien appelé .
Le shintoïsme est né au Japon d’un mélange entre animisme, chamanisme, et culte des ancêtres. Peu à peu, tous ces cultes de la fertilité, ces vénérations de la nature, parfois capricieuse (tremblements de terre, typhons, tsunamis, etc), se sont amalgamés et codifiés pour former le shinto.
Les origines du shintoïsme remontent très loin dans le passé. On se pose encore la question de savoir si la culture Jōmon (environ 11 000 à 300 av. J.-C.) possédait une religion centrée sur la vénération de dieux ressemblant peu ou prou à ce qu’on connaît aujourd'hui. Avec la culture Yayoi (d'environ 300 av. J.-C. à 300 ), plus complexe, commence à apparaître une iconographie de style shintoïste nettement plus marquée. L'introduction de la culture du riz semble avoir apporté avec elle des rites liés aux semailles et à la moisson, probablement très proches des rituels shintoïstes encore pratiqués aujourd’hui dans les campagnes japonaises.
Le bouddhisme fut quant à lui importé de Chine et de Corée à partir des et s, il est donc fortement influencé par les bouddhismes chinois et coréen, mais aussi par le shintoïsme. En 592, après des luttes d'influence avec le shinto, le bouddhisme fut déclaré religion d'État. Le bouddhisme s'est introduit par le « haut », dans les classes sociales dominantes, avant d'atteindre le peuple, car ses enseignements relativement difficiles ne pouvaient pas encore être compris par l'ensemble de la population, non lettrée, du Japon.
Son histoire peut être divisée en trois périodes, ayant chacune vu l'introduction de nouvelles doctrines ou l'évolution d'écoles existantes, des trois grands courants du bouddhisme :
époque de Nara (710-794) : écoles Hossō, Kegon et Ritsu ;
époque de Heian (794-1185) : Tendai et Shingon ;
époque de Kamakura (1185-1333) : bouddhisme de Nichiren, écoles inspirées par la Terre pure ou amidisme (Jōdo, Jōdo shin, Yūzū nenbutsu et Ji) et écoles Zen (Rinzai, Sōtō et Ōbaku).