L'hydrogénosome est un organite présent dans certains organismes anaérobies tels que des ciliés, des trichomonas et certains fungi. L'hydrogénosome des trichomonas (l'organisme le plus étudié pour ce type d'organite) produit de l'hydrogène, de l'acétate, du dioxyde de carbone et de l'ATP grâce à l'action combinée de la pyruvate:ferrédoxine oxydoréductase, d'une hydrogénase, de l'acétate:succinate CoA transférase et de la succinate thiokinase. D'autres enzymes y sont aussi présentes telles que la Superoxyde dismutase, la malate déshydrogénase (décarboxylation), une ferrédoxine, une adénylate kinase et une NADH:ferrédoxine oxydoréductase. Cet organite aurait évolué à partir d'une bactérie anaérobie ou d'une archée. En 2010, des chercheurs auraient découvert les premiers métazoaires anaérobies possédant un hydrogénosome. Le nom de cet organite provient du fait qu'il produit de l'hydrogène. Les hydrogénosomes ont été isolés, purifiés, caractérisés et nommés au début des années 1970 par D.G. Lindmark et M. Müller à université Rockefeller. En plus de cette étude, ils démontrèrent également pour la première fois la présence d'une pyruvate:ferredoxin oxido-reductase et d'une hydrogénase chez les eucaryotes. D'autres études furent conduites ensuite sur la biochimie, la cytologie et l'organisation sub-cellulaire des protistes anaérobies (Trichomonas vaginalis, Tritrichomonas foetus, Monocercomonas sp., Giardia lamblia, Entamoeba histolytica, et Hexamita inflata). Grâce à ces études, ces chercheurs ont pu déterminer le mode d'action du métronidazole (Flagyl) en 1976. Le métronidazole est de nos jours considéré comme l'une des meilleures molécules pour traiter les infections dues à des organismes anaérobies procaryotes (Clostridium, Bacteroides, Helicobacter) ou eucaryotes (Trichomonas, Tritrichomonas, Giardia, Entamoeba). Le métronidazole est absorbé par diffusion. Une fois absorbé, il est réduit par les ferrédoxines réduites elle-même par la pyruvate:ferredoxin oxido-reductase.