Le Kirghizistan est un pays d'Asie centrale, encadré par la Chine à l'Est et au Sud-Est, le Kazakhstan au Nord, l'Ouzbékistan à l'Ouest et le Tadjikistan au sud-Ouest. D'une superficie de , le pays est totalement enclavé et ne possède pas d'accès à la mer, même proche.
Le pays est presque totalement montagneux ; à l'est, la chaîne du Tian Shan marque la frontière avec la Chine et culmine à au Pic Pobedy (« Victoire » en russe), qui est d'ailleurs le point culminant du pays. À l'Ouest, les chaînes du Ferghana (au Nord) et du Pamir Alay (au Sud) prennent en tenaille la vallée du Fergana (commune au Kirghizistan, à l'Ouzbékistan et au Tadjikistan). La chaîne du Pamir Alay culmine au Pic Lénine à .
Ces zones montagneuses divisent le pays en deux, le Nord et le Sud; ces deux parties ne communiquent que par des cols situés au moins à d'altitude.
Les villes du Kirghizistan se situent dans les zones les plus basses du pays. Au Nord, la capitale Bichkek se trouve tout de même à d'altitude. Au Sud-Ouest, l'autre foyer de peuplement dans la vallée de Ferghana, on trouve les villes d'Och et de Djalalabad, ainsi que le point le plus bas du Kirghizistan, la vallée du Kara-Daria, à d'altitude.
À l'Est, le lac Yssyk Koul forme une petite mer intérieure de à d'altitude, le deuxième plus grand lac de montagne du monde (après le lac Titicaca). Profond de , le lac est légèrement salé et ne gèle pas en hiver.
Le climat du Kirghizistan est généralement continental aride, et même polaire dans les plus hautes parties du Tian Shan. Dans la vallée du Ferghana au Sud-Ouest, le climat est subtropical. Au Nord, dans les zones les plus basses (comme Bichkek), le climat est tempéré. Partout dans le pays, au vu de l'altitude, le thermomètre dépasse rarement les 25 °C en été, mais les précipitations manquent toute l'année. Les périodes de sécheresse sont fréquentes, et il est possible que les précipitations peuvent être au plus bas, par exemple, sur une période de 3 ans.