Karl Ernst Ritter von Baer, Edler von Huthorn est un Allemand de la Baltique, sujet de l'Empire russe, biologiste père de l’embryologie et découvreur de l'ovule. Il est né le à Piibe (gouvernement d'Estland, actuelle Estonie) et mort le à Dorpat (Tartu, actuelle Estonie).
Ses ancêtres venaient de Westphalie. Il fait ses études à Revel et à l'université de Dorpat, ainsi qu'à Berlin, Vienne et Wurtzbourg.
En 1817, il devient professeur assistant à l'université de Königsberg, professeur de zoologie en 1821, puis d'anatomie en 1826.
En 1829, il s'installe brièvement à Saint-Pétersbourg avant de revenir à Königsberg. En 1834, il s'établit à Saint-Pétersbourg et rejoint l'Académie des sciences, d'abord en zoologie (de 1834 à 1846) puis en physiologie (de 1846 à 1862). Il dirige le de la Bibliothèque de l'Académie des sciences de Russie de 1835 à 1862.
Il s'intéresse à de nombreux sujets comme l'anatomie, l'ichtyologie, l'ethnologie, l'anthropologie et la géographie. C'est le cofondateur et le premier président de la Société entomologique de Russie.
Il passe la fin de sa vie à Dorpat où il est l'un des critiques les plus virulents des théories darwiniennes.
C'est son portrait qui est représenté sur les billets de 2 couronnes estoniennes du début des années 1990.
En 1827, il fait une découverte essentielle pour l'embryologie : il découvre l'ovule des mammifères, découverte qui concerne notamment l'espèce humaine. En 1827, Karl Ernst von Baer publie pour l'Académie des sciences de Saint-Pétersbourg le résultat de ses recherches et sa découverte de l'ovule des mammifères dans un ouvrage en latin intitulé Ovi Mammalium et Hominis genesi, édité à Leipzig
Il étudie particulièrement le développement embryonnaire des animaux, découvrant les différents stades de la blastula et de la notochorde. Poursuivant les travaux de Caspar Friedrich Wolff (1734-1794), il décrit avec Christian Heinrich von Pander (1794-1865) le développement de l'embryon à partir de feuillets (ou couches) embryonnaires.