L'expression « le disciple que Jésus aimait » ou « le disciple bien-aimé » (en grec ancien : ), est utilisée à plusieurs reprises dans l’Évangile selon Jean pour désigner un disciple anonyme de Jésus de Nazareth.
Plusieurs identifications ont été proposées par les exégètes et les chercheurs notamment, suivant la tradition chrétienne, avec l'apôtre Jean, fils de Zébédée, mais aussi avec un personnage secondaire du ministère de Jésus qui aurait pris de l'importance en ayant fondé la communauté johannique, ou avec un personnage symbolique incarnant une manière de disciple parfait. Certains chercheurs l'identifiant enfin au rédacteur de l'évangile johannique ou encore à Lazare.
Lors de la Cène, c'est le disciple bien-aimé, qui, « couché sur le sein de Jésus », lui demande qui va le trahir. Lors de la Crucifixion, Jésus confie sa mère Marie au disciple bien-aimé, en disant : « Femme, voici ton fils », puis au disciple « Voici ta mère ». Quand Marie Madeleine découvre le tombeau vide, elle court le dire au « disciple bien-aimé » et à Pierre. C'est le premier à atteindre le tombeau. C'est encore lui qui le premier reconnaît Jésus au lac de Tibériade après sa Résurrection. Dans l'épilogue, Pierre s'enquiert auprès de Jésus du sort de ce disciple. Enfin, pour certains exégètes, il est possible qu'il s'agisse du « disciple connu du grand-prêtre » qui accompagne Pierre et Jésus lors de la confrontation de ce dernier avec Hanne.
L'évangile s'achève sur deux versets qui identifient ce « disciple bien-aimé » à l'auteur dans ce qui constitue l'épilogue de l'évangile, dont une majorité de commentateurs estime qu'il est de rédaction plus tardive que le chapitre précédent mais de rédaction relativement ancienne. L'interprétation traditionnelle voit dans le passage à la première personne l'opportunité d'identifier l'auteur de l'évangile avec « le disciple que Jésus aimait ».
En attribuant ainsi le texte à une personne nommée « Jean », il est vraisemblable que le cercle des éditeurs johanniques, à l'instar de la tradition, envisageait l'apôtre Jean, mettant ainsi le « disciple bien-aimé » en relation avec le cercle des disciples proches de Jésus et garantissant de la sorte son autorité.