Les massacres de 1965 en Indonésie sont la répression déclenchée contre le Parti communiste indonésien (PKI) et ses sympathisants par les milices du Nahdlatul Ulama (parti musulman) et du Parti national indonésien, encadrées par les forces armées indonésiennes. Le massacre des communistes indonésiens, jusque-là alliés au président Soekarno, intervient au terme de graves tensions politiques qui avaient fait craindre un basculement de l'Indonésie dans le camp communiste. Leur élément déclencheur est la tentative de coup d'État du , imputée au PKI.
Le PKI, troisième parti communiste au monde en nombre d'adhérents, est éradiqué au cours d'une série de tueries qui s'étend sur plusieurs mois, entraînant la mort de plusieurs centaines de milliers de personnes : le bilan tourne entre et trois millions de victimes. Bien que très peu connu du grand public occidental, il s'agit là de l'un des pires massacres de masse du . Bien que le PKI et ses sympathisants soient les principales victimes de cette vague de violences, celle-ci vise également, selon les lieux, d'autres groupes comme les hindouistes, les chrétiens, certains musulmans modérés ou la minorité chinoise d'Indonésie.
Déclenchées à la fin de 1965, qui demeure la date symbolique de l'évènement, les tueries durent plusieurs mois et s'étendent sur l'année 1966, certaines ayant encore lieu par endroits en 1967. Des centaines de milliers de personnes sont arrêtées, emprisonnées ou déportées dans des camps. Le général Soeharto, principal maître d'œuvre de cette purge politique, remplace ensuite Soekarno à la tête du pays. La répression, visant aussi bien les communistes que les autres opposants, continue en Indonésie dans les années suivantes.
Né dans le contexte de la lutte indépendantiste contre les colonisateurs néerlandais, le Parti communiste indonésien est l'un des rares PC asiatiques à bénéficier, dès l'entre-deux-guerres, d'effectifs importants. Durant la révolution nationale indonésienne, le PKI est en situation de rivalité avec les nationalistes de Soekarno, devenu président de l'Indonésie lors de la proclamation d'indépendance.