La peste d'Athènes est le nom sous lequel est désignée une épidémie qui toucha par vagues la Grèce antique de 430 à 426 av. J.-C. Elle éclata au début de la saison chaude et sèche de 430, s'affaiblit et modéra ses atteintes pendant deux ans, fut endémique en 428 et 427, avec une recrudescence au début de l'hiver 427, pour disparaître dans les derniers mois de l'an 426. Elle a été rapportée par Thucydide, dans le Livre II de La Guerre du Péloponnèse, dans un texte d'importance emblématique qui n'a cessé de susciter l'intérêt des philosophes, des historiens et des médecins.
Elle a causé plusieurs dizaines de milliers de morts, dont celle de Périclès, soit un quart à un tiers de la population, et mit ainsi fin à une époque privilégiée. Sa nature exacte n'a pas été découverte, le typhus en est la cause la plus probable, parmi plus d'une quinzaine proposées à la discussion.
vignette|Buste de Périclès, copie romaine provenant de la villa d'Hadrien. British Museum.
Entre 6000 et 3000 av. J-C, la révolution néolithique s'installe en Europe, avec l'agriculture, l'élevage, la sédentarisation et la croissance démographique qui en découle. Ces nouvelles conditions entraînent une rupture de l'équilibre éco-épidémiologique antérieur, provoquant l'apparition de nombreuses maladies infectieuses ou parasitaires. Ces maladies ne pouvaient se manifester auparavant, à cause de la très faible densité des sociétés de chasseurs-cueilleurs.
Durant l'Antiquité classique, l'urbanisation croissante atteint des seuils critiques pour l'émergence de nouvelles maladies infectieuses, d'autant plus qu'elles sont facilitées par la plus grande fréquence des contacts dans les guerres et le commerce. Une maladie infectieuse, pour apparaître ou se maintenir, demande des groupes de population d'une certaine taille (plus de quelques milliers, dizaines ou centaines de milliers, selon la maladie).
Au av. J.C., Athènes comptait plus de (et presque autant en Attique, territoire de la cité-état) et, engagée dans une guerre contre Sparte, elle subit un siège, en ayant en son sein des réfugiés des campagnes environnantes.