En linguistique, le morphème est un concept et un outil pour l'analyse linguistique qui renvoie selon les auteurs à des acceptions légèrement différentes : il peut en effet désigner soit le plus petit élément significatif grammatical d'un mot (isolé par segmentation et le plus souvent dépourvu d'autonomie linguistique par opposition au lexème), soit plus largement une unité minimale de signification. Dans cette deuxième acception, il est alors fait la distinction entre morphème lexical (synonyme en ce cas de lexème ) et morphème grammatical (marques grammaticales ou morphèmes au sens restreint) .
Enfin, plus récemment, en grammaire générative, il existe un sens plus abstrait, caractérisant un processus de transformation et regroupant différents morphes. La morphologie est en linguistique l'étude des morphèmes.
Par exemple, le mot chanteurs est composé selon les auteurs de trois morphèmes, le premier lexical et les deux seconds grammaticaux : chant- « chant », -eur- « celui qui fait » et -s (marque du pluriel à l'écrit seulement) ou (école Martinet), d'un lexème et de deux morphèmes.
Un autre exemple est couraient, qui est composé de cour- « courir », -ai- (marque de l'imparfait) et -ent ( personne du pluriel à l'écrit, « ils »).
Cet exemple est sans segmentation de mot : pomme de terre est composé de trois morphèmes (deux morphèmes lexicaux, « pomme » et « terre », et un morphème grammatical, « de ») mais constitue en lui-même un seul nouveau morphème lexical ou lexème qui a un sens propre, différent de pomme ou terre, et qui contient la signification « pomme de terre », le légume en question.
De même que le phonème, le morphème est une entité abstraite, qui est susceptible de se réaliser de plusieurs manières dans la chaîne parlée : ainsi, en français, la préposition en est un morphème, mais selon qu'elle est suivie par un mot qui commence par une voyelle ou par une consonne, elle est réalisée [] (comme dans en France []) ou [] (comme dans en Italie []), phénomène phonétique que l'on désigne couramment par l'expression « faire la liaison en français », ou par le terme plus technique de « sandhi externe ».