vignette|200px|Le mon du clan Minamoto est appelé « Sasa rindo ».
vignette|200px|Le Seiryō-ji, un temple bouddhiste de Kyoto, était à l'origine la demeure de Minamoto no Tōru, membre important de la lignée Saga Genji.
Le fut un des quatre clans qui dominèrent la politique du Japon durant l'ère Heian, les trois autres étant les Fujiwara, les Taira et les Tachibana. « Genji » (源氏) est l'autre nom du clan Minamoto, d'après la prononciation alternative des caractères chinois pour Minamoto (gen) et ji, ou « clan ».
« Minamoto » était un nom honorifique donné par des empereurs de la période Heian (794-1185) à leurs fils et petits-fils après les avoir acceptés comme sujets royaux. Selon la tradition, pour faciliter la succession impériale et prévenir les rivalités pour le trône, les princes non éligibles ou écartés de la succession se voyaient offrir un titre et devenaient sujets de l'empereur. Les Minamoto, comme leurs rivaux les Taira, sont issus de cette tradition.
L'empereur Saga, qui régna de 809 à 823, accorda en 814 le kabane Minamoto no Ason à 33 de ses qui ne pouvaient hériter du trône. De ce fait, eux et leurs descendants cessèrent de faire partie de la famille impériale, créant ainsi la lignée Saga Genji. Par la suite, les empereurs Seiwa, Murakami, Uda et Daigo, entre autres, donnèrent également ce nom à leurs fils, créant les diverses lignées portant leur nom suivi de « Genji ».
Un seul Minamoto réintégra la succession impériale : Minamoto no Sadami, qui devint en 887 l'empereur Uda, et créa ainsi une branche particulière du clan Minamoto.
vignette|Le domaine du clan Minamoto au Japon (1183).
Des diverses lignées Minamoto, la plus importante est la lignée Seiwa Genji, descendant de Minamoto no Tsunemoto, un petit-fils du , Seiwa. Tsunemoto reçut le patronyme de Minamoto en 961, partit pour la province du Kantō, et y fonda une des principales dynasties guerrières. Plus tard, son fils Minamoto no Mitsunaka forma une alliance avec les Fujiwara, et par la suite les Fujiwara firent souvent appel aux Minamoto pour restaurer l'ordre dans la capitale, Heian-kyō (plus tard renommée Kyoto.