Le terme « hétérodoxe » vient du grec ἕτερος héteros (autre) et δόξα dóxa (opinion). Au sens littéral, il signifie donc « qui pense d'une autre manière (que la manière habituelle, dominante) ».
C'est dans le domaine de la religion, en particulier dans le christianisme, que le mot « hétérodoxe » prend un sens déterminant. Mais lorsque le monde occidental se sécularise, il s'applique à différents domaines de la vie publique.
vignette|Le baptistère dit « des Orthodoxes », à Ravenne (par opposition au baptistère des Ariens, jugés « hétérodoxes »), fut édifié v. 400-450.
La notion d'hétérodoxie, proche de celle d'hérésie, apparaît à chaque crise dogmatique. Le cas se présente tout au long de l'histoire du christianisme. Ces moments critiques conduisent à la pratique de conciles métropolitains puis à la construction du canon biblique.
Montanus → montanisme (vers 150)
Marcion → marcionitisme (vers 150)
Valentin → valentinisme
Donat → donatisme (vers 300-500)
Mélèce → méletisme
dès le début du , on constate la mutation du sens des conciles : une hétérodoxie devient une hérésie à partir du moment où se dresse une autorité (celle de l'empereur) capable de promouvoir et d'obtenir son éradication
années 320 Arius → arianisme
nestorianisme
entre le et le avec les Cathares, puis les Pauvres de Lyon (« Vaudois »),
dans les courants théologiques minoritaires qui traversent la spiritualité propre à certains ordres monastiques comme les franciscains qui conduisent à des purges,
au , lors du Grand Schisme entre les Églises d'Orient et d'Occident, celui-ci germant depuis le « brigandage d'Éphèse » et rebondissant avec le rejet du canon 28 du Concile de Chalcédoine qui confiait la primauté au patriarche de Constantinople sur le métropolite romain, pour conduire à la scission à l'occasion de la Querelle du Filioque en 1054.
le contexte de la Réforme du et de l'opposition entre catholicisme et protestantisme où chaque branche définit de nouvelles orthodoxies,
au tournant des et avec la crise moderniste.