thumb|300px|Galilée comparaît pour hérésie.
Dans l’Antiquité, le terme haíresis désigne une école de pensée philosophique librement choisie. Au cours des conciles , l'hérésie s'oppose progressivement à l'« orthodoxie » pour indiquer les doctrines formulées par les baptisés qui s'opposent ou remettent en cause les dogmes chrétiens officiels de l'Église. Elle acquiert ainsi une valeur péjorative entre les II et le VI siècles et se fait condamnation de tous dogmes contraires aux opinions et pratiques chrétiennes au Moyen Age. L'hérésiologie devient un champ d'étude et un genre littéraire. Dans le langage courant, le mot « hérésie » en vient à désigner une opinion qui heurte les usages et ce qui est admis ou tenu pour acquis dans les domaines de la pensée, de la connaissance, de la religion. Ainsi, Hilaire Belloc a pu proposer une définition qui englobe sa dimension religieuse et scientifique et s'étend à son usage séculier : L'hérésie est la dislocation d'un système complet et autosuffisant par l'introduction d'une nouvelle négation d'une partie essentielle de celui-ci.
Dans le domaine religieux et théologique, l'hérésie est distincte du schisme, qui est un rejet de l'autorité ecclésiale, de l'apostasie, qui est le reniement de sa propre foi, et du blasphème, qui est une parole ou un acte insultant envers Dieu. L'hérésie se produit à l'intérieur de la foi, de manière réfléchie et persistante, se présentant soit comme une innovation soit comme un retour à une prétendue pureté originelle de la révélation.
thumb|300px|right|Les Écritures triomphant sur l'Hérésie, dans l' de Stockholm.
vignette|redresse=1|L'Hérésie représentée sous les traits d'une déesse accompagnée d'une manticore. Gravure sur cuivre d'Antonius Eisenhoit (1589).
Le mot « hérésie » est emprunté au grec αἵρεσις, haíresis, qui signifie à l’époque classique « choix », puis à l’époque de la koinè, « préférence pour une doctrine, école philosophique », « obédience philosophique » dont le pendant latin est secta ou disciplina. Ainsi, le « jardin » d’Épicure était une haíresis.