La géographie de la Macédoine du Nord est caractéristique de celle de la péninsule balkanique par l'emprise des massifs montagneux qui s'étendent sur le pays et les multiples climats qui s'y croisent. Classée parmi les plus petits États européens, la Macédoine du Nord connaît en effet aussi bien le climat de montagne que le climat méditerranéen, et elle reçoit autant l'influence de la mer Égée que celle de l'Adriatique ou de la mer Noire.
La Macédoine du Nord () possède une superficie de et forme un ovale plutôt régulier. Elle partage de frontière avec la Serbie, le Kosovo, l'Albanie, la Grèce et la Bulgarie. Son territoire est traversé du nord au sud par le Vardar, qui se jette dans la mer Égée, comme la plupart des autres cours d'eau. Elle n'a aucun débouché sur la mer mais possède quelques lacs naturels et artificiels qui occupent 2 % de la surface totale du pays.
La vallée du Vardar, fertile, est soumise aux inondations et les montagnes, abondamment boisées et giboyeuses, s'ouvrent sur quelques bassins où se concentrent les villes, comme Skopje, la capitale, Prilep, Bitola. On distingue deux régions. La première, à l'ouest du Vardar, possède un relief très prononcé mais concentre la majorité de la population. La seconde, à l'est, est également montagneuse mais les sommets sont beaucoup moins hauts. Le point culminant de la Macédoine du nord est le Golem Korab, haut de et situé à la frontière albanaise.
thumb|Géologie de la Macédoine du Nord et des Balkans.
thumb|Le massif de la Yakoupitsa.
Une grande partie de la Macédoine du Nord est montagneuse. 45 % de la surface du pays est à une altitude comprise entre 500 et et la plupart des sommets culminent entre et . Le pays est limité au nord par les monts Šar, dont les versants nord sont en Serbie et au Kosovo, le Pinde et la dépression du lac d'Ohrid à l'ouest, les contreforts du mont Olympe au sud et par le Pirin, situé principalement en Bulgarie, à l'est. Les massifs du Kozuf et du Nidže occupent quant à eux la partie centrale du pays.